為加強信用合作社內部牽制藉以防止弊端之發生，信用合作社應建立自行查核制度。各信用合作社營業、財務保管及資訊單位應每半年至少辦理一次一般自行查核，每月至少辦理一次專案自行查核。但已辦理一般自行查核、內部稽核單位已辦理一般業務查核、金融檢查機關已辦理一般業務檢查或遵守法令事項自行評估之月份，該月得免辦理專案自行查核。 各信用合作社營業、財務保管及資訊單位辦理自行查核，應由該單位主管指定非原經辦人員辦理並事先保密。 前項自行查核報告應作成工作底稿，併同自行查核報告及相關資料至少留存五年。
根據信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法第24條，信用合作社應建立自行查核制度，以加強內部牽制，防止弊端的發生。每半年，各信用合作社的營業、財務保管及資訊單位至少要進行一次一般性的自行查核，每個月至少辦理一次專案自行查核。然而，如果某個月已經進行過一般自行查核、內部稽核單位已經進行過一般業務查核、金融檢查機關已經進行過一般業務檢查，或者該月已經進行過法令事項的自行評估，那麼該月可以免除進行專案自行查核。 各信用合作社的營業、財務保管及資訊單位在進行自行查核時，應由該單位的主管指派非原經辦人員進行，並且事先保密。 根據該條規定，自行查核報告應該作成工作底稿，並且與自行查核報告及相關資料一起至少保存五年。 這些規定的參考來源是「金融監督管理委員會信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法」。
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