信用合作社年度財務報表由會計師辦理查核簽證時，應委託會計師辦理信用合作社內部控制制度之查核，並對信用合作社申報主管機關表報資料正確性、內部控制制度及遵守法令主管制度執行情形、備抵呆帳提列政策之妥適性表示意見。 會計師之查核費用由信用合作社與會計師自行議定，並由信用合作社負擔會計師之查核費用。 第一項規定對於經主管機關依法接管之信用合作社，不適用之。
根據信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法第26條，當信用合作社年度財務報表由會計師辦理查核簽證時，應委託會計師辦理信用合作社內部控制制度之查核。這包括對信用合作社申報主管機關的資料正確性、內部控制制度和遵守法令的執行情況、以及備抵呆帳提列政策的妥適性，並對這些方面提出意見。 根據法條的第二項，會計師的查核費用應由信用合作社與會計師自行議定，並由信用合作社承擔。這意味著信用合作社和會計師可以根據自己的協商來確定查核費用的支付方式。 然而，根據第一項規定，如果一個信用合作社已經被主管機關依法接管，則此規定不適用於該信用合作社。這意味著在這種情況下，會計師可能不需要進行內部控制制度的查核，或者其他相關的審核程序。
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