根據專營電子支付機構專用存款帳戶管理辦法第26條的規定，專營電子支付機構可以指示管理銀行將管理帳戶的款項進行自行或跨行的轉帳支付，或者將管理帳戶的款項調撥轉入合作帳戶或清算帳戶。同樣地，專營電子支付機構也可以指示合作銀行將合作帳戶的款項進行自行轉帳支付，或者將合作帳戶的款項調撥轉入管理帳戶或清算帳戶。在進行這些支付作業時，專營電子支付機構需要與管理銀行簽訂契約，明確雙方的權利、義務和責任。管理銀行有權隨時查詢專營電子支付機構的支付作業辦理情況，並且專營電子支付機構應該配合提供相關資訊或報表予管理銀行進行支付款項帳務核對。此外，如果專營電子支付機構的清算帳戶餘額超過管理銀行與其約定的一定比例，則專營電子支付機構可以指示管理銀行將超過部分調撥轉入管理帳戶或合作帳戶。
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