保險人配合全民健康保險之保險人依法行使代位權，應依下列原則辦理： 一、保險人應定期將理賠案件資料傳輸至強制汽車責任保險資訊作業中心。 二、保險人在本保險傷害醫療給付限額扣除已先行給付受害人金額後之餘額內，於全民健康保險之保險人行使代位權時，負給付責任，且每一事故每一受害人之給付以一次為限。 三、保險人於接到全民健康保險之保險人代位請求之通知及單據文件，應於四十五日內確定賠償金額並給付之。
根據強制汽車責任保險承保及理賠作業處理辦法第21條，保險人在配合全民健康保險的情況下，應遵循以下原則處理理賠事宜： 1. 保險人應定期將理賠案件資料傳送至強制汽車責任保險資訊作業中心。 例子：保險人應定期將根據全民健康保險提供的醫療給付資料，傳送至強制汽車責任保險資訊作業中心，以進行相關案件的記錄和管理。 2. 保險人在受害人已經領取全民健康保險醫療給付後，需要先扣除已先行給付受害人的金額，然後在全民健康保險保險人行使代位權時負責給付剩餘金額，每一次事故每一位受害人只能給付一次。 例子：如果受害人已經根據全民健康保險法規領取醫療給付，保險人在進行代位請求時，需要從理賠金額中先扣除已經給付給受害人的金額，然後根據剩餘金額進行代位給付，每一次事故每一位受害人只能獲得一次給付。 3. 保險人在收到全民健康保險保險人的代位請求通知和相關單據文件後，應在四十五天內確定賠償金額並進行給付。 例子：如果全民健康保險保險人向保險人提出代位請求，並提供代位請求通知和相關單據文件，保險人應在四十五天內確定賠償金額並進行給付。
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