根據原住民學生升學保障及原住民公費留學辦法第 4 條，原住民學生如果在註冊入學後再轉校（院）轉系（科），就不再享受該辦法的優待。如果學生因志趣不合或學習適應困難，原本的學校應該提供輔導和協助他們轉系。 舉例來說，如果一名原住民學生在高中就讀時受到該辦法的保障，並享受到公費留學的名額，但他在大學時決定轉系到一個不符合原住民學生優待的科系，他就不再有資格得到相關的優惠。而如果學生在原本的學校遇到困難，無法適應現有的學習環境，他的學校應該提供協助，例如輔導他轉系到更適合的科系，以幫助他解決學習上的困難。
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