會計室分設二科，各科掌理事項如下：一、第一科：(一) 關於本院歲入、歲出預 (概) 算之籌劃、審核及彙編事項。(二) 關於本院歲入、歲出分配預算之擬編、修正事項。(三) 關於本院歲入、歲出決算之編製事項。(四) 關於本院歲出預算按分支計畫分配執行及控制事項。(五) 關於本院經費之流用及保留事項。(六) 關於本院請撥統籌科目經費及動支預備金案件之審核及申請事項。(七) 關於本院歲入、歲出追加 (減) 預算之申請事項。(八) 關於本院每日發售參觀券存根之點收核計、至善園入園投幣之會同監點及其他歲入款之審核事項。(九) 關於本院歲出之審核事項。(十) 關於本院歲出預算依據採購法規之會同監辦事項。 (十一) 關於本院付款及轉帳憑單之編製及電子傳輸與歲入記帳憑證之編製事項。(十二) 關於本院會計室文書之收發、處理及檔案之管理事項。(十三) 關於本院統計事項。(十四) 其他有關歲計及內部審核事項。二、第二科：(一) 關於本院經費類 (付款憑單除外) 及基金各項記帳憑證之編製事項。(二) 關於本院基金各種帳籍之登記、結算事項。(三) 關於本院歲入與經費類及基金月份會計報告之編製事項。(四) 關於本院基金決算之編製事項。(五) 關於本院歲入與經費類及基金會計憑證、簿籍之保管事項。(六) 關於本院歲入與經費類及基金財務會計管理資訊系統之配合建立事項。(七) 關於本院歲入與基金原始憑證之保管及經費類原始憑證之送審事項。(八) 關於本院代收、代付、保管、暫收等各項財務收支審核及登記辦理事項。(九) 關於本院基金類各項支出之審核事項。(十) 關於本院基金依據採購法規之會同監辦事項。 (十一) 關於本院財產、物品之增減統制紀錄事項。(十二) 關於本院基金法規之研議事項。(十三) 關於基金年度預 (概) 算之籌劃及編審事項。(十四) 關於基金分期實施計畫及收支估計表之審編事項。(十五) 關於本院單位預算與基金分期實施計畫及收支估計執行績效報告之編製事項。(十六) 關於本院會計室員額編製之規劃調整之擬議事項。(十七) 關於本院會計人員之派免、遷調、受訓、考核及獎懲之擬議事項。(十八) 關於本院現金、票據及有價證券庫存之檢查、核對事項。(十九) 其他有關會計事項。
根據國立故宮博物院辦事細則第17條的規定，會計室分設為第一科和第二科，各科掌理不同的事項。第一科負責歲入、歲出預算的籌劃、審核及彙編，擬編、修正歲出分配預算，歲出決算的編製，歲出預算按分支計畫分配的執行控制，經費的流用及保留，請撥統籌科目經費及動支預備金的審核及申請，歲入、歲出追加預算的申請，每日的參觀券存根點收核計、至善園入園投幣的會同監點以及其他歲入款的審核，歲出的審核，以及依據採購法規的會同監辦事項等。第二科則負責經費類和基金的記帳憑證的編製，基金帳籍的登記、結算，歲入、經費類和基金月份會計報告的編製，基金決算的編製，歲入、經費類和基金的財務會計憑證、簿籍的保管，歲入、經費類和基金財務會計管理資訊系統的配合建立，歲入、基金原始憑證的保管及經費類原始憑證的送審，代收、代付、保管、暫收等財務收支的審核及登記辦理，基金類各項支出的審核，基金依據採購法規的會同監辦事項，財產、物品的增減統制紀錄，基金法規的研議，基金年度預算的籌劃及編審，基金分期實施計畫及收支估計表的審編，單位預算與基金分期實施計畫及收支估計執行績效報告的編製，會計室人員額編製的規劃調整，會計人員的派免、遷調、受訓、考核及獎懲的擬議，現金、票據及有價證券庫存的檢查、核對等會計相關事項。 根據參考資料，國立故宮博物院的會計室分設有兩個科，其中第一科負責歲入、歲出預算的籌劃、審核及彙編事項，擬編、修正歲出分配預算的事項等（國立故宮博物院辦事細則第17條第一科）。同樣地，第二科則負責經費類和基金的記帳憑證的編製，基金帳籍的登記、結算事項等（國立故宮博物院辦事細則第17條第二科）。
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