根據財團法人法第56條的規定，主管機關對政府捐助的財團法人進行定期的業務、財務和投資狀況的查核，可以以書面或其他方式進行，並在需要時進行實地查核。在進行查核時，主管機關有權要求財團法人提供相關的證明文件、表冊和資料。政府捐助的財團法人應該配合並提供相關的資料，不得規避、妨礙或拒絕查核。 如果違反上述規定，規避、妨礙或拒絕查核或提供相關資料的行為，行為人可能會被處以新臺幣三萬元以上十五萬元以下的罰鍰，並且可以按次處罰。此外，主管機關應該將政府捐助的財團法人的預算、決算書以及第一項定期查核的情況主動公開於網站上。
主管機關對於政府捐助之財團法人之業務與財務運作狀況及投資情形，應定期以書面或其他方式查核，並得視需要實地查核；查核時，得命其提出證明文件、表冊及有關資料；政府捐助之財團法人應配合提供相關資料，不得規避、妨礙或拒絕。 違反前項規定，規避、妨礙或拒絕查核或提供資料者，處行為人新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並得按次處罰。 政府捐助之財團法人之預算、決算書及第一項定期查核情形，主管機關應於網站主動公開之。
立法理由一、第一項明定主管機關對於政府捐助之財團法人之運作情況，應定期查核，財團法人有配合之義務。另於第二項規定對違反義務者之行政罰。 二、政府捐助之財團法人之基金大部分來自政府，其資訊揭露宜更充分，爰於第三項明定主管機關應將該等法人之預算、決算書及定期查核情形，於網站主動公開，俾利全民監督。
一、第一項明定主管機關對於政府捐助之財團法人之運作情況，應定期查核，財團法人有配合之義務。另於第二項規定對違反義務者之行政罰。 二、政府捐助之財團法人之基金大部分來自政府，其資訊揭露宜更充分，爰於第三項明定主管機關應將該等法人之預算、決算書及定期查核情形，於網站主動公開，俾利全民監督。
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