第二課課長承分局長之命綜理課務並督率所屬分辦左列事項。 一、關於冷凍食品 (包括肉品、水產品、蔬果) 工廠品管及工廠分等檢驗登記申請調查事項。 二、關於冷凍食品分等檢驗工廠品質管制之追查產品抽驗及技術輔導事項。 三、關於冷凍食品檢驗之執行事項。 四、關於畜水產品及冷凍食品出口驗對執行事項。 五、關於畜水產品及冷凍食品委託試驗之執行事項。 六、關於畜水產品及冷凍食品委託試驗有關紀錄之填報與評定事項。 七、關於合格標識監貼與註銷事項。 八、關於動物及畜水產品之檢驗 (疫) 冷凍食品檢驗標準及方法之研究改進建議事項。 九、關於檢驗 (疫) 及試驗研究等儀器藥品用具之籌劃、添置、領用與維護管理事項。 十、關於動物進出口檢疫之執行事項。 十一、關於畜產品 (包括鬃毛絨羽類) 檢驗 (疫) 及消毒燻蒸事項。 十二、關於進出口染疫動物之撲殺焚化等處理事項。 十三、關於動物及畜產品進出口運送工具包裝材料等之消毒燻蒸事項。 十四、關於動物隔離檢疫中心設施管理事項。 十五、關於動物畜水產品及冷凍食品等產地生產狀況調查事項。 十六、關於動物檢疫畜水產品檢驗 (疫) 及冷凍食品檢驗數量之統計事項。 十七、關於本課員工工作分配督導考核事項。 十八、關於本課主管工作報告法規公文之撰擬收發登記事項。 十九、其他臨時交辦事項。
根據經濟部商品檢驗局高雄分局辦事細則第5條的規定，第二課課長的職責包括：一、負責調查冷凍食品工廠的品管和分等檢驗登記申請事項；二、追查冷凍食品分等檢驗工廠的品質控制、進行產品抽驗和提供技術指導；三、執行冷凍食品的檢驗工作；四、執行畜水產品和冷凍食品出口驗對工作；五、執行畜水產品和冷凍食品的委託試驗工作；六、填報和評定有關委託試驗的記錄；七、監視合格標識的貼附和註銷工作；八、研究改進動物和畜水產品檢驗的標準和方法；九、籌劃、添置、領用和管理檢驗和試驗所需的儀器和藥品用具；十、執行動物進出口檢疫工作；十一、處理畜產品的檢驗、消毒和燻蒸事項；十二、處理進出口染疫動物的撲殺和焚化；十三、對動物和畜產品進出口運送工具和包裝材料進行消毒和燻蒸；十四、管理動物隔離檢疫中心的設施；十五、調查動物和畜水產品等產地的生產狀況；十六、統計動物檢疫和畜水產品檢驗的數量；十七、督導和考核本課員工的工作分配；十八、撰寫和處理本課的主管報告和法規文件；十九、處理其他臨時交辦事項。 我們可以參考《經濟部商品檢驗局高雄分局辦事細則》以及相關法規來解釋這些條款。
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