員工薪津由秘書室出納人員，依據員工異動通知單編造清冊，職員送人事室、工友送秘書室核對後，再送會計室分別審核，陳分局長核定後，交會計室編製傳票或付款憑單送秘書室出納人員轉發，並扣繳法定稅捐。
根據經濟部標準檢驗局高雄分局辦事細則第36條，員工薪津的處理程序如下： 1. 秘書室的出納人員根據員工異動通知單編製清冊。 2. 清冊會送到人事室核對職員，或者送到秘書室核對工友。 3. 核對完畢後，清冊會分別送到會計室進行審核。 4. 審核完畢後，陳分局長會進行核定。 5. 核定結果會送到會計室，由會計室編製傳票或付款憑單。 6. 傳票或付款憑單會交給秘書室的出納人員進行轉發。 7. 同時，在處理薪津時也會進行法定稅捐的扣繳。 這個程序確保了員工薪津的準確性，並確保了相關稅捐的合法扣繳。
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