遇難或避難船舶入港前，應以通信方式連繫港口信號臺，並提出申請，經中央主管機關會同有關機關檢查，有下列情事之一者，得拒絕其進港： 一、載運之危險物品有安全顧慮。 二、載運染患傳染病或其可疑症狀之人，有影響國內防疫安全之虞。 三、船體重受損有沈沒之虞。 四、其他有違港口禁令或無進港之必要。
根據工業專用港或工業專用碼頭規劃興建經營管理辦法第47條的規定，當遇到遇難或避難船舶入港的情況時，必須透過通信方式與港口信號臺連繫並提出申請。經由中央主管機關與相關機關的檢查後，如果出現以下情況之一，可以拒絕該船進入港口： 1. 載運危險物品存在安全顧慮。 2. 船上載有染患傳染病或可疑症狀的人，可能對國內防疫安全產生影響。 3. 船體受損嚴重，可能會沈沒。 4. 其他違反港口禁令或無進港必要的情況。 舉例來說，如果有一艘船舶載運有高度危險的化學物品，經過檢查後發現該船的貨物存放和運輸方式可能存在安全風險，港口管理機構可以拒絕該船進入港口。
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