工業專用港由中央工業主管機關興建營運者，應向使用者收取設施使用費、管理費或服務費。 工業專用港由公民營事業興建，提供使用時，公民營事業得向使用者收取設施使用費；中央工業主管機關應向使用者收取管理費或服務費。 工業專用碼頭由興辦工業人興建，自行使用時，中央工業主管機關應向使用者收取管理費或服務費。 前三項設施使用費、管理費或服務費，其費率及計算方式，應由中央工業主管機關報請經濟部會商交通部核定。
根據以上資料，促進產業升級條例第45條規定了工業專用港的使用費用收取方式。根據第45條第1項，由中央工業主管機關興建及營運的工業專用港，應向使用者收取設施使用費、管理費或服務費。第2項指出，由公民營事業興建並提供使用的工業專用港，可向使用者收取設施使用費，而中央工業主管機關則需向使用者收取管理費或服務費。第3項則規定，如果工業專用碼頭由興辦工業人自行使用，則中央工業主管機關應向使用者收取管理費或服務費。最後，第4項指出設施使用費、管理費或服務費的費率及計算方式，應由中央工業主管機關報請經濟部會商交通部核定。 根據資料，上述項目規定了工業專用港使用費用的相關內容。根據中央工業主管機關興建及營運的工業專用港，需向使用者收取設施使用費、管理費或服務費（第1項）。此外，由公民營事業興建並提供使用的工業專用港可收取設施使用費，而中央工業主管機關則需向使用者收取管理費或服務費（第2項）。另外，對於由興辦工業人自行使用的工業專用碼頭，中央工業主管機關應向使用者收取管理費或服務費（第3項）。對於這些費用的費率及計算方式，需要由中央工業主管機關報請經濟部會商交通部核定（第4項）。
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