區內事業進、出口貨品，除於園區內通關外，亦得選擇在進、出口地海關，依通關之作業規定辦理通關手續。
科技產業園區保稅業務管理辦法第19條規定，區內事業進、出口貨品時，可以在園區內通關，也可以選擇在進、出口地的海關依通關作業規定辦理通關手續。這表示區內事業在進、出口貨品時有彈性，可以選擇最方便或適合的通關地點辦理手續。根據資料中的範例，業經司法院釋字第五一九號解釋的案例中，保稅工廠銷售貨物至國內課稅區，依有關規定無須報關，稅捐機關可以依照這個規定課徵營業稅。這可能是保稅工廠在區內通關辦理通關手續的一個例子。
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