中央管區域排水之管理機關為水利署，並由水利署所屬河川分署（以下簡稱河川分署）執行；直轄市管、縣（市）管區域排水之管理機關為該排水流經之直轄市、縣（市）政府，或其所設置之機關。
排水管理辦法第7條規定了中央和地方政府在管理區域排水上的責任和職權。根據這個法規，中央管區域排水的管理機關是水利署，並由水利署所屬河川局執行；而直轄市和縣（市）管區域排水的管理機關則是對應的地方政府，或者是地方政府所設置的相關機關。 這條法規的依據是《排水管理辦法》，其中明確規定了區域排水的管理機關以及其執行機關。例如，水利署是中央政府負責協調、指導、監督、程序之訂定、規畫、管理、督導和執行等相關業務；而河川局則是水利署的屬下單位，負責落實水利署的政策和計畫。 參考資料來自《排水管理辦法》，具有法源上的權威，並對各級政府在區域排水管理上具有約束力。
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