經濟處分設四科，各科掌理事項如左： 一、第一科： (一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。 (二) 關於臺灣地區與大陸地區經貿交流業務之研擬、審議、協調、聯繫及處理事項。 (三) 關於臺商赴大陸地區投資輔導與管理之協調、聯繫及處理事項。 (四) 關於經貿方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事項。 (五) 關於臺灣地區與大陸地區經貿法規之審議、協調、聯繫及處理事項。 (六) 關於臺灣地區與大陸地區經貿交流相關資料之蒐集、分析及委託專案研究事項。 (七) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。 二、第二科： (一) 關於臺灣地區與大陸地區農林漁牧、環境保護相關業務之研擬、審議、協調、聯繫及處理事項。 (二) 關於農林漁牧與環境保護方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區農林漁牧、環境保護相關法規之審議、協調、聯繫及處理事項。 (四) 關於臺灣地區與大陸地區農林漁牧、環境保護相關資料之蒐集、分析及委託專案研究事項。 (五) 關於臺灣地區與大陸地區海上漁事糾紛涉案至大陸地區與海外地區業務之協調、聯繫及處理事項。 三、第三科： (一) 關於臺灣地區與大陸地區財稅、金融、保險與證券相關業務之研擬、審議、協調、聯繫及處理事項。 (二) 關於財稅、金融、保險與證券方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區財稅、金融、保險與證券相關資料之蒐集、分析及委託專案研究事項。 (四) 關於臺灣地區與大陸地區貨物進出口通關與關稅業務之規劃及協調事項。 (五) 關於臺灣地區與大陸地區經濟統計報告之編撰與分析事項。 四、第四科： (一) 關於臺灣地區與大陸地區交通、郵電、探親、旅行相關業務之研擬、審議、協調、聯繫及處理事項。 (二) 關於交通與旅行方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區交通、郵電、探親與旅行相關資料之蒐集、分析及委託專案研究事項。
根據行政院大陸委員會辦事細則第7條，經濟處分設四科，各科掌理事項分別如下： 第一科： 1. 管制本處施政計畫與預算之編擬及執行情形 2. 處理臺灣地區與大陸地區經貿交流業務之研擬、審議、協調、聯繫及處理事項 3. 協調臺商赴大陸地區投資輔導與管理 4. 處理經貿方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事項 5. 審議臺灣地區與大陸地區經貿法規之審議、協調、聯繫及處理事項 6. 蒐集臺灣地區與大陸地區經貿交流相關資料，並進行分析及委託專案研究 7. 處理不屬其他各科及統籌性質之綜合事項。 第二科： 1-4 等函釋於上述大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事項，为相关科室之公務，皆依其职权执行。 第三科： 1-5等相关條款，为其公务范围，需依职权执行。 第四科： 1-3 涉及辖区内环境、外交与政治安全之公共事务，均为相关部门职权所及者。
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