根據香港澳門關係條例第1條，此條例是為了規範與香港及澳門的經貿、文化及其他關係而制定的。如果本條例未有明文規定的部分，則適用其他相關法令的規定。但是對於台灣地區與大陸地區人民關係條例，除非本條例有明文規定，否則不適用。 根據海關緝私條例第36、37 條 (84.01.18)，對於私運管制物品進口的規定，逾公告數額的私運行為應該依懲治走私條例第2條第1項論處，不需引用同條例第12條的規定。可舉例最高法院93年度第3次刑事庭會議決議可資參考。 另外，根據台灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則第33條 (83.10.19)，在台灣地區與大陸地區直接通信、通航或通商前，得視香港或澳門為第三地，排除台灣地區與大陸地區人民關係條例在香港、澳門之適用。可舉例最高法院93年度第3次刑事庭會議決議意旨可資參照。
為規範及促進與香港及澳門之經貿、文化及其他關係，特制定本條例。 本條例未規定者，適用其他有關法令之規定。但臺灣地區與大陸地區人民關係條例，除本條例有明文規定者外，不適用之。
立法理由一、明定本條例之立法目的。 二、臺灣與港澳間事務繁多，須作概括規定，本條例未規定者，適用其他有關法令規定。 三、港澳事務與兩岸事務有本質上之差異，故第二項後段明定排除臺灣地區與大陸地區人民關係條例之適用。
一、明定本條例之立法目的。 二、臺灣與港澳間事務繁多，須作概括規定，本條例未規定者，適用其他有關法令規定。 三、港澳事務與兩岸事務有本質上之差異，故第二項後段明定排除臺灣地區與大陸地區人民關係條例之適用。
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