本辦法之主管機關為經濟部，其業務由經濟部國際貿易署（以下簡稱貿易署）辦理之。
根據台灣地區與大陸地區貿易許可辦法第3條，該法規之主管機關為經濟部，而相關業務由經濟部國際貿易局負責。依據法條，貿易局需辦理與兩岸貿易有關的許可事宜，包括進口或出口大陸地區物品的核准工作。且參考法條台灣地區與大陸地區貿易許可辦法第7條規定，該法規權限下的物品，除經主管機關公告准許輸入項目及其條件之物品外，不得進口臺灣地區。此法條範例是參照前述行政院101年7月26日公告，未公告准許而以緬甸為產地為名，申報進口輸入大陸地區茶葉，核屬海關緝私條例第37條第3項所稱之逃避「管制」。
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