Le conseil de l'éducation nationale institué dans les académies d'outre-mer peut être consulté et émettre des vœux sur le calendrier et les rythmes scolaires, rendre tout avis sur les programmes des enseignements dispensés dans les écoles, collèges et lycées implantés dans ces départements et régions et émettre toute proposition en vue de l'adaptation de ceux-ci aux spécificités locales.
Dans les académies d'outre-mer, des approches pédagogiques spécifiques sont prévues dans l'enseignement de l'expression orale ou écrite et de la lecture au profit des élèves issus de milieux principalement créolophone, amérindien ou mahorais.
Dans les académies d'outre-mer, l'Etat favorise et renforce la mise en place des dispositifs destinés aux élèves en grande difficulté qui sont scolarisés dans le premier cycle de l'enseignement secondaire ou aux jeunes de seize à dix-huit ans qui ont quitté le système éducatif avant l'obtention d'une première qualification.