L'institution est dirigée par un directeur général nommé par arrêté du ministre de la défense. Elle est administrée par un conseil de gestion dont le président est nommé par décret et comprenant des représentants des usagers militaires et civils, de l'administration, du personnel de l'institution et des membres nommés en raison de leur compétence dans les domaines administratif, financier, social, médico-social ou culturel.
L'institution exerce son activité dans les conditions du droit privé en ce qui concerne ses relations avec les personnels rémunérés par elle, à l'exception du directeur général et du directeur général adjoint, avec les usagers, les contractants et les tiers. Toutefois, le régime des travaux publics est applicable aux travaux de l'institution. La gestion financière et comptable de l'institution est soumise aux règles du droit privé, sous réserve de dérogations qui seraient prévues par la réglementation applicable à l'institution. Les fonctionnaires peuvent être détachés auprès de l'institution. Les officiers et les sous-officiers de carrière peuvent être placés en situation hors cadre auprès de cet organisme.
L'institution n'a pas de but lucratif. Ses ressources sont constituées par : 1° Les versements et les contributions des usagers ; 2° Les dons et legs ; 3° Les produits nets des manifestations à but social décidées par le ministre de la défense ; 4° Les recettes et produits divers des établissements, les revenus des fondations et toutes autres recettes autorisées par le conseil de gestion ; 5° Les subventions et les prestations en nature que l'institution peut recevoir de l'Etat ainsi que de toute autre collectivité publique ; 6° Les immeubles qui lui sont apportés par l'Etat en dotation provisoire.
L'institution est soumise au contrôle de la Cour des comptes, sans préjudice des autres vérifications.
Un décret en Conseil d'Etat définit les modalités d'organisation et de fonctionnement de l'institution de gestion sociale des armées.
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