Un bilan annuel du dispositif de contrôle interne est présenté pour information au conseil d'administration ou au comité directeur de l'organisme de mutualité sociale agricole, qui est également informé des éventuelles actions correctives y faisant suite.
Le directeur comptable et financier d'un organisme de mutualité sociale agricole procède régulièrement à l'audit des applications informatiques utilisées par les services de cet organisme afin notamment de prévenir les fraudes et les erreurs. Il contrôle notamment la mise en oeuvre dans l'organisme du dispositif de contrôle interne portant sur : 1° L'habilitation des personnes autorisées à saisir ou manipuler les données informatiques ; 2° La justification des opérations financières par des pièces comptables ; 3° L'utilisation des données pour l'ouverture des droits et le calcul de liquidation des cotisations et des prestations conformément aux lois et règlements ou aux décisions des conseils d'administration ; 4° L'utilisation des dernières versions validées des programmes informatiques ; 5° L'existence des procédures de sauvegarde des fichiers de programmes et de données et l'existence des solutions de secours informatique ; 6° La vérification de l'exactitude des traitements au moyen de sondages portant sur les contrôles d'existence, de vraisemblance et de validité des opérations ; 7° Le directeur comptable et financier d'un organisme de mutualité sociale agricole détermine la nature et la fréquence des contrôles par sondage des cotisations et des prestations liquidées. Les minima de contrôle sont définis au plan national par le directeur comptable et financier de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole.
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