自然環境保全法

この法律は、自然公園法（昭和三十二年法律第百六十一号）その他の自然環境の保全を目的とする法律と相まつて、自然環境を保全することが特に必要な区域等の生物の多様性の確保その他の自然環境の適正な保全を総合的に推進することにより、広く国民が自然環境の恵沢を享受するとともに、将来の国民にこれを継承できるようにし、もつて現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に寄与することを目的とする。

国、地方公共団体、事業者及び国民は、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第三条から第五条までに定める環境の保全についての基本理念にのつとり、自然環境の適正な保全が図られるように、それぞれの立場において努めなければならない。

自然環境の保全に当たつては、関係者の所有権その他の財産権を尊重するとともに、国土の保全その他の公益との調整に留意しなければならない。

国は、おおむね五年ごとに地形、地質、植生及び野生動物に関する調査その他自然環境の保全のために講ずべき施策の策定に必要な基礎調査を行うよう努めるものとする。

国は、地域の開発及び整備その他の自然環境に影響を及ぼすと認められる施策の策定及びその実施に当たつては、自然環境の適正な保全について配慮しなければならない。

国は、自然環境の保全を図るための基本方針（以下「自然環境保全基本方針」という。）を定めなければならない。

②自然環境保全基本方針には、次に掲げる事項を定めるものとする。

③環境大臣は、自然環境保全基本方針の案を作成して、閣議の決定を求めなければならない。

④環境大臣は、自然環境保全基本方針の案を作成する場合には、あらかじめ、中央環境審議会の意見をきかなければならない。

⑤環境大臣は、第三項の規定による閣議の決定があつたときは、遅滞なく、自然環境保全基本方針を公表しなければならない。

⑥前三項の規定は、自然環境保全基本方針の変更について準用する。

削除

環境大臣は、その区域における自然環境が人の活動によつて影響を受けることなく原生の状態を維持しており、かつ、政令で定める面積以上の面積を有する土地の区域であつて、国又は地方公共団体が所有するもの（森林法（昭和二十六年法律第二百四十九号）第二十五条第一項又は第二十五条の二第一項若しくは第二項の規定により指定された保安林（同条第一項後段又は第二項後段において準用する同法第二十五条第二項の規定により指定された保安林を除く。）の区域を除く。）のうち、当該自然環境を保全することが特に必要なものを原生自然環境保全地域として指定することができる。

②環境大臣は、原生自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、関係都道府県知事及び中央環境審議会の意見をきかなければならない。

③環境大臣は、原生自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、当該区域内の土地を、国が所有する場合にあつては当該土地を所管する行政機関の長の、地方公共団体が所有する場合にあつては当該地方公共団体の同意を得なければならない。

④環境大臣は、原生自然環境保全地域を指定する場合には、その旨及びその区域を官報で公示しなければならない。

⑤原生自然環境保全地域の指定は、前項の規定による公示によつてその効力を生ずる。

⑥第二項、第四項及び前項の規定は原生自然環境保全地域の指定の解除及びその区域の変更について、第三項の規定は原生自然環境保全地域の区域の拡張について、それぞれ準用する。

原生自然環境保全地域に関する保全計画（原生自然環境保全地域における自然環境の保全のための規制又は施設に関する計画をいう。以下同じ。）は、環境大臣が関係都道府県知事及び中央環境審議会の意見をきいて決定する。

②環境大臣は、原生自然環境保全地域に関する保全計画を決定したときは、その概要を官報で公示し、かつ、その原生自然環境保全地域に関する保全計画を一般の閲覧に供しなければならない。

③前二項の規定は、原生自然環境保全地域に関する保全計画の廃止及び変更について準用する。

原生自然環境保全地域に関する保全事業（原生自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて執行する事業であつて、当該地域における自然環境の保全のための施設で政令で定めるものに関するものをいう。以下同じ。）は、国が執行する。

②地方公共団体は、環境大臣に協議して、原生自然環境保全地域に関する保全事業の一部を執行することができる。

原生自然環境保全地域内においては、次の各号に掲げる行為をしてはならない。

ただし、環境大臣が学術研究その他公益上の事由により特に必要と認めて許可した場合又は非常災害のために必要な応急措置として行う場合は、この限りでない。

②前項ただし書の許可には、当該原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要な限度において、条件を付することができる。

③原生自然環境保全地域内において非常災害のために必要な応急措置として第一項各号に掲げる行為をした者は、その行為をした日から起算して十四日以内に、環境大臣にその旨を届け出なければならない。

④原生自然環境保全地域が指定され、又はその区域が拡張された際当該原生自然環境保全地域内において第一項各号に掲げる行為に着手している者は、その指定又は区域の拡張の日から起算して三月間（その期間内に同項ただし書の許可を申請したときは、許可又は不許可の処分があるまでの間）は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該行為をすることができる。

⑤次の各号に掲げる行為については、第一項及び第三項の規定は、適用しない。

環境大臣は、原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、前条第一項の規定に違反し、又は同条第二項の規定により許可に付された条件に違反した者に対して、その行為の中止を命じ、又は相当の期限を定めて、原状回復を命じ、若しくは原状回復が著しく困難である場合に、これに代わるべき必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。

②環境大臣は、政令で定めるところにより、その職員のうちから自然保護取締官を命じ、前項に規定する権限の一部を行なわせることができる。

③前項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。

環境大臣は、原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために特に必要があると認めるときは、原生自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、立入制限地区を指定することができる。

②第十四条第三項の規定は立入制限地区の指定及びその区域の拡張について、同条第四項及び第五項の規定は立入制限地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について、それぞれ準用する。

③何人も、立入制限地区に立ち入つてはならない。

ただし、次の各号に掲げる場合は、この限りでない。

環境大臣は、原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、第十七条第一項ただし書の許可を受けた者に対して、当該許可を受けた行為の実施状況その他必要な事項について報告を求めることができる。

国の機関又は地方公共団体が行う行為については、第十七条第一項ただし書又は第十九条第三項第五号の許可を受けることを要しない。この場合において、当該国の機関又は地方公共団体は、その行為をしようとするときは、あらかじめ、環境大臣に協議しなければならない。

②国の機関又は地方公共団体は、第十七条第三項の規定により届出を要する行為をしたときは、同項の規定による届出の例により、環境大臣にその旨を通知しなければならない。

環境大臣は、原生自然環境保全地域以外の区域で次の各号のいずれかに該当するもののうち、自然的社会的諸条件からみてその区域における自然環境を保全することが特に必要なものを自然環境保全地域として指定することができる。

②自然公園法第二条第一号に規定する自然公園の区域は、自然環境保全地域の区域に含まれないものとする。

③環境大臣は、自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、関係地方公共団体の長及び中央環境審議会の意見を聴かなければならない。この場合においては、次条第一項に規定する自然環境保全地域に関する保全計画の案についても、あわせて、その意見を聴かなければならない。

④環境大臣は、自然環境保全地域を指定しようとするときは、あらかじめ、環境省令で定めるところにより、その旨を公告し、当該指定の案を当該公告の日から二週間公衆の縦覧に供しなければならない。

⑤前項の規定による公告があつたときは、当該区域に係る住民及び利害関係人は、同項の縦覧期間満了の日までに、縦覧に供された指定の案について、環境大臣に意見書を提出することができる。

⑥環境大臣は、前項の規定により縦覧に供された指定の案について異議がある旨の意見書の提出があつたとき、又は当該自然環境保全地域の指定に関し広く意見を聴く必要があると認めたときは、公聴会を開催するものとする。

⑦第十四条第四項及び第五項の規定は自然環境保全地域の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について、第三項前段の規定は自然環境保全地域の指定の解除及びその区域の変更について、同項後段及び前三項の規定は自然環境保全地域の区域の拡張について、それぞれ準用する。

自然環境保全地域に関する保全計画（自然環境保全地域における自然環境の保全のための規制又は事業に関する計画をいう。以下同じ。）は、環境大臣が決定する。

②自然環境保全地域に関する保全計画には、次の各号に掲げる事項を定めるものとする。

③第十五条第二項の規定は自然環境保全地域に関する保全計画の決定、廃止及び変更について、前条第三項前段の規定は自然環境保全地域に関する保全計画の廃止及び変更について、同条第四項から第六項までの規定は自然環境保全地域に関する保全計画の決定及び変更（前項第二号又は第三号に掲げる事項に係る変更に限る。）について、それぞれ準用する。

自然環境保全地域に関する保全事業（自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて執行する事業であつて、当該地域における自然環境の保全のための施設で政令で定めるものに関するものをいう。以下同じ。）は、国が執行する。

②地方公共団体は、環境大臣に協議して、自然環境保全地域に関する保全事業の一部を執行することができる。

環境大臣は、自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、特別地区を指定することができる。

②第十四条第四項及び第五項の規定は、特別地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

③環境大臣は、特別地区を指定し、又はその区域を拡張するときは、あわせて、当該自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内において次項の許可を受けないで行なうことができる木竹の伐採（第十項に規定する行為に該当するものを除く。）の方法及びその限度を農林水産大臣と協議して指定するものとする。自然環境保全地域に関する保全計画で当該特別地区に係るものの変更（第二十三条第二項第三号に掲げる事項に係る変更以外の変更を除く。）をするときも、同様とする。

④特別地区内においては、次に掲げる行為は、環境大臣の許可を受けなければ、してはならない。

ただし、非常災害のために必要な応急措置として行う行為、第一号若しくは第六号に掲げる行為で森林法第二十五条第一項若しくは第二項若しくは第二十五条の二第一項若しくは第二項の規定により指定された保安林の区域若しくは同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区（第二十八条第一項において「保安林等の区域」という。）内において同法第三十四条第二項（同法第四十四条において準用する場合を含む。）の許可を受けた者が行う当該許可に係るもの、第二号に掲げる行為で前項の規定により環境大臣が指定する方法により当該限度内において行うもの又は第三号に掲げる行為で森林の整備及び保全を図るために行うものについては、この限りでない。

⑤第十七条第二項の規定は、前項の許可について準用する。

⑥環境大臣は、第四項各号に掲げる行為で環境省令で定める基準に適合しないものについては、同項の許可をしてはならない。

⑦特別地区内において非常災害のために必要な応急措置として第四項各号に掲げる行為をした者は、その行為をした日から起算して十四日以内に、環境大臣にその旨を届け出なければならない。

⑧第四項の規定により同項各号に掲げる行為が規制されることとなつた時において既に当該行為に着手している者は、その規制されることとなつた日から起算して六月間は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該行為をすることができる。

⑨前項に規定する者が同項の期間内に当該行為について環境大臣に届け出たときは、第四項の許可を受けたものとみなす。

⑩次の各号に掲げる行為については、第四項及び第七項の規定は、適用しない。

環境大臣は、特別地区内における特定の野生動植物の保護のために特に必要があると認めるときは、自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、当該保護すべき野生動植物の種類ごとに、野生動植物保護地区を指定することができる。

②第十四条第四項及び第五項の規定は、野生動植物保護地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

③何人も、野生動植物保護地区内においては、当該野生動植物保護地区に係る野生動植物（動物の卵を含む。）を捕獲し、若しくは殺傷し、又は採取し、若しくは損傷してはならない。

ただし、次の各号に掲げる場合は、この限りでない。

④第十七条第二項の規定は、前項第七号の許可について準用する。

環境大臣は、自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、海域特別地区を指定することができる。

②第十四条第四項及び第五項の規定は、海域特別地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

③海域特別地区内においては、次の各号に掲げる行為は、環境大臣の許可を受けなければ、してはならない。

ただし、非常災害のために必要な応急措置として行う行為又は第一号から第三号まで、第六号及び第七号に掲げる行為で漁具の設置その他漁業を行うために必要とされるものについては、この限りでない。

④第十七条第二項の規定は、前項の許可について準用する。

⑤環境大臣は、第三項各号に掲げる行為で環境省令で定める基準に適合しないものについては、同項の許可をしてはならない。

⑥海域特別地区内において非常災害のために必要な応急措置として第三項各号に掲げる行為をした者は、その行為をした日から起算して十四日以内に、環境大臣にその旨を届け出なければならない。

⑦第三項の規定により同項各号に掲げる行為が規制されることとなつた時において既に当該行為に着手している者は、その規制されることとなつた日から起算して六月間は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該行為をすることができる。

⑧前項に規定する者が同項の期間内に当該行為について環境大臣に届け出たときは、第三項の許可を受けたものとみなす。

⑨次の各号に掲げる行為については、第三項及び第六項の規定は、適用しない。

自然環境保全地域の区域のうち特別地区及び海域特別地区に含まれない区域（以下「普通地区」という。）内において次に掲げる行為をしようとする者は、あらかじめ、環境大臣に対し、環境省令で定めるところにより、行為の種類、場所、施行方法及び着手予定日その他環境省令で定める事項を届け出なければならない。

ただし、第一号から第三号までに掲げる行為で森林法第三十四条第二項本文の規定に該当するものを保安林等の区域内においてしようとする者及び第一号から第三号までに掲げる行為で海域内において漁具の設置その他漁業を行うために必要とされるものをしようとする者は、この限りでない。

②環境大臣は、前項の規定による届出があつた場合において、自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、その届出をした者に対して、その届出があつた日から起算して三十日以内に限り、当該自然環境の保全のために必要な限度において、その届出に係る行為を禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。

③環境大臣は、第一項の規定による届出があつた場合において、実地の調査をする必要があるとき、その他前項の期間内に同項の処分をすることができない合理的な理由があるときは、その理由が存続する間、同項の期間を延長することができる。この場合においては、同項の期間内に、第一項の規定による届出をした者に対して、その旨及び期間を延長する理由を通知しなければならない。

④第一項の規定による届出をした者は、その届出をした日から起算して三十日を経過した後でなければ、当該届出に係る行為に着手してはならない。

⑤環境大臣は、当該自然環境保全地域における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれがないと認めるときは、前項の期間を短縮することができる。

⑥次の各号に掲げる行為については、第一項から第三項までの規定は、適用しない。

環境大臣は、自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要な限度において、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号若しくは第二十七条第三項の許可を受けた者若しくは前条第二項の規定により行為を制限され、若しくは必要な措置をとるべき旨を命ぜられた者に対し、当該行為の実施状況その他必要な事項について報告を求め、又はその職員に、自然環境保全地域の区域内の土地若しくは建物内に立ち入り、第二十五条第四項各号、第二十六条第三項本文、第二十七条第三項各号若しくは前条第一項各号に掲げる行為の実施状況を検査させ、若しくはこれらの行為の自然環境に及ぼす影響を調査させることができる。

②前項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。

③第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第十八条の規定は自然環境保全地域の区域内における行為に対する命令について、第二十一条の規定は当該区域内において国の機関又は地方公共団体が行う行為について、それぞれ準用する。この場合において、第十八条第一項中「前条第一項の規定に違反し、又は同条第二項の規定により許可に付された条件」とあるのは「第二十五条第四項、第二十六条第三項若しくは第二十七条第三項の規定に違反し、若しくは第二十五条第五項、第二十六条第四項若しくは第二十七条第四項において準用する前条第二項の規定により許可に付された条件に違反した者、第二十八条第一項の規定による届出をせず、同項各号に掲げる行為をした者又は同条第二項の規定による処分」と、第二十一条第一項中「第十七条第一項ただし書又は第十九条第三項第五号」とあるのは「第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号又は第二十七条第三項」と、同条第二項中「第十七条第三項」とあるのは「第二十五条第七項、第二十七条第六項又は第二十八条第一項」と、「したとき」とあるのは「したとき、又はしようとするとき」と、「同項」とあるのは「これら」と読み替えるものとする。

環境大臣及び生態系維持回復事業（自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて行う事業であつて、当該地域における生態系の維持又は回復を図るものをいう。以下同じ。）を行おうとする国の機関の長（以下この条において「環境大臣等」という。）は、生態系維持回復事業の適正かつ効果的な実施に資するため、自然環境保全地域に関する保全計画に基づき、中央環境審議会の意見を聴いて、生態系維持回復事業に関する計画（以下「生態系維持回復事業計画」という。）を定めるものとする。

②生態系維持回復事業計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。

③環境大臣等は、生態系維持回復事業計画を定めたときは、その概要を公示しなければならない。

④環境大臣等は、生態系維持回復事業計画を廃止し、又は変更しようとするときは、中央環境審議会の意見を聴かなければならない。

⑤第三項の規定は、生態系維持回復事業計画の廃止及び変更について準用する。

国は、自然環境保全地域における自然環境の保全のため生態系の維持又は回復を図る必要があると認めるときは、生態系維持回復事業計画に従つて生態系維持回復事業を行うものとする。

②地方公共団体は、環境省令で定めるところにより、その行う生態系維持回復事業について生態系維持回復事業計画に適合する旨の環境大臣の確認を受けて、生態系維持回復事業計画に従つてその生態系維持回復事業を行うことができる。

③国及び地方公共団体以外の者は、環境省令で定めるところにより、その行う生態系維持回復事業について、その者がその生態系維持回復事業を適正かつ確実に実施することができ、及びその生態系維持回復事業が生態系維持回復事業計画に適合する旨の環境大臣の認定を受けて、生態系維持回復事業計画に従つてその生態系維持回復事業を行うことができる。

④第二項の確認又は前項の認定を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。

⑤前項の申請書には、生態系維持回復事業を行う区域を示す図面その他の環境省令で定める書類を添付しなければならない。

⑥第二項の確認又は第三項の認定を受けた者は、第四項各号に掲げる事項を変更しようとするときは、地方公共団体にあつては環境大臣の確認を、国及び地方公共団体以外の者にあつては環境大臣の認定を受けなければならない。

ただし、環境省令で定める軽微な変更については、この限りでない。

⑦前項の確認又は同項の認定を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、変更に係る事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。

⑧第五項の規定は、前項の申請書について準用する。

⑨第二項の確認又は第三項の認定を受けた者は、第六項ただし書の環境省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を環境大臣に届け出なければならない。

環境大臣は、前条第三項の認定を受けた者が次の各号のいずれかに該当するときは、同項の認定を取り消すことができる。

環境大臣は、第三十条の三第三項の認定を受けた者に対し、その生態系維持回復事業の実施状況その他必要な事項に関し報告を求めることができる。

環境大臣は自然環境保全地域の指定若しくはその区域の拡張、自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更又は自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、環境大臣以外の国の機関又は地方公共団体の長は自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、実地調査のため必要があるときは、それぞれその職員に、他人の土地に立ち入り、標識を設置させ、測量させ、又は実地調査の障害となる木竹若しくはかき、さく等を伐採させ、若しくは除去させることができる。

ただし、他の法律に実地調査に関する規定があるときは、当該規定の定めるところによる。

②国の機関又は地方公共団体の長は、その職員に前項の規定による行為をさせようとするときは、あらかじめ、土地の所有者（所有者の住所が明らかでないときは、その占有者。以下この条において同じ。）及び占有者並びに木竹又はかき、さく等の所有者にその旨を通知し、意見書を提出する機会を与えなければならない。

③第一項の職員は、日出前及び日没後においては、宅地又はかき、さく等で囲まれた土地に立ち入つてはならない。

④第一項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。

⑤土地の所有者若しくは占有者又は木竹若しくはかき、さく等の所有者は、正当な理由がない限り、第一項の規定による立入りその他の行為を拒み、又は妨げてはならない。

第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第二十八条第二項の規定による環境大臣の処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。この場合には、審査請求をすることができない。

②行政不服審査法（平成二十六年法律第六十八号）第二十二条の規定は、前項の処分につき、処分をした行政庁が誤つて審査請求又は再調査の請求をすることができる旨を教示した場合に準用する。

国は、第二十五条第四項、第二十六条第三項第七号若しくは第二十七条第三項の許可を得ることができないため、第二十五条第五項、第二十六条第四項若しくは第二十七条第四項において準用する第十七条第二項の規定により許可に条件を付されたため、又は第二十八条第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。

②前項の補償を受けようとする者は、環境大臣にこれを請求しなければならない。

③環境大臣は、前項の規定による請求を受けたときは、補償すべき金額を決定し、当該請求者にこれを通知しなければならない。

④国は自然環境保全地域の指定若しくはその区域の拡張、自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更又は国が行なう自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、地方公共団体は当該地方公共団体が行なう自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、第三十一条第一項の規定による当該職員の行為によつて損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。

⑤第二項及び第三項の規定は、前項の規定による損失の補償について準用する。この場合において、第二項及び第三項中「環境大臣」とあるのは、「第三十一条第一項に規定する実地調査に関する事務を所掌する大臣又は地方公共団体の長」と読み替えるものとする。

前条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による決定に不服がある者は、その通知を受けた日から六月以内に訴えをもつて補償すべき金額の増額を請求することができる。

②前項の訴えにおいては、国又は地方公共団体を被告とする。

自然環境保全地域に関する規定の適用に当たつては、当該地域に係る住民の農林漁業等の生業の安定及び福祉の向上に配慮しなければならない。

環境大臣は、自然環境保全地域以外の沖合の区域（我が国の内水及び領海（水深二百メートルを超える海域に限る。）、排他的経済水域並びに大陸棚（排他的経済水域及び大陸棚に関する法律（平成八年法律第七十四号）第二条に規定する大陸棚をいう。）に係る海域をいう。第三十五条の八及び第三十五条の九において同じ。）でその区域の海底の地形若しくは地質又は海底における自然の現象に依存する特異な生態系を含む自然環境が優れた状態を維持していると認めるもののうち、自然的社会的諸条件からみてその区域における自然環境を保全することが特に必要なものを沖合海底自然環境保全地域として指定することができる。

②自然公園法第二条第一号に規定する自然公園の区域は、沖合海底自然環境保全地域の区域に含まれないものとする。

③環境大臣は、沖合海底自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、関係地方公共団体の長及び中央環境審議会の意見を聴かなければならない。この場合においては、次条第一項に規定する沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画の案についても、あわせて、その意見を聴かなければならない。

④環境大臣は、沖合海底自然環境保全地域を指定しようとするときは、あらかじめ、環境省令で定めるところにより、その旨を公告し、当該指定の案を当該公告の日から二週間公衆の縦覧に供しなければならない。

⑤前項の規定による公告があつたときは、当該区域に係る利害関係人は、同項の縦覧期間満了の日までに、縦覧に供された指定の案について、環境大臣に意見書を提出することができる。

⑥環境大臣は、前項の規定により縦覧に供された指定の案について異議がある旨の意見書の提出があつたとき、又は当該沖合海底自然環境保全地域の指定に関し広く意見を聴く必要があると認めたときは、公聴会を開催するものとする。

⑦第十四条第四項及び第五項の規定は沖合海底自然環境保全地域の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について、第三項前段の規定は沖合海底自然環境保全地域の指定の解除及びその区域の変更について、同項後段及び前三項の規定は沖合海底自然環境保全地域の区域の拡張について、それぞれ準用する。

沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画（沖合海底自然環境保全地域における自然環境の保全のための規制、調査その他の事項に関する計画をいう。以下同じ。）は、環境大臣が決定する。

②沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画には、次に掲げる事項を定めるものとする。

③第十五条第二項の規定は沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画の決定、廃止及び変更について、前条第三項前段の規定は沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画の廃止及び変更について、同条第四項から第六項までの規定は沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画の決定及び変更（前項第二号又は第三号に掲げる事項に係る変更に限る。）について、それぞれ準用する。

環境大臣は、沖合海底自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、沖合海底特別地区を指定することができる。

②第十四条第四項及び第五項の規定は、沖合海底特別地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

③沖合海底特別地区内においては、次に掲げる行為（以下この章及び第五十六条第六号において「特定行為」という。）は、環境大臣の許可を受けなければ、してはならない。

④第十七条第二項の規定は、前項の許可について準用する。

⑤環境大臣は、特定行為で当該特定行為に伴う海底の形質の変更が沖合海底特別地区における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれが少ないことその他の環境省令で定める基準に適合しないものについては、第三項の許可をしてはならない。

⑥第三項の規定により特定行為が規制されることとなつた時において既に当該特定行為に着手している者は、その規制されることとなつた日から起算して六月間は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該特定行為をすることができる。

⑦前項に規定する者が同項の期間内に当該特定行為について環境大臣に届け出たときは、第三項の許可を受けたものとみなす。

⑧特定行為のうち、沖合海底特別地区における自然環境の保全に支障を及ぼすおそれがないもので環境省令で定めるものについては、第三項の規定は、適用しない。

沖合海底自然環境保全地域の区域のうち沖合海底特別地区に含まれない区域内において特定行為をしようとする者は、あらかじめ、環境大臣に対し、環境省令で定めるところにより、特定行為の種類、場所、施行方法及び着手予定日その他環境省令で定める事項を届け出なければならない。

②環境大臣は、前項の規定による届出があつた場合において、沖合海底自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、その届出をした者に対して、その届出があつた日から起算して三十日以内に限り、当該自然環境の保全のために必要な限度において、その届出に係る特定行為を禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。

③第一項の規定による届出をした者は、その届出をした日から起算して三十日を経過した後でなければ、当該届出に係る特定行為に着手してはならない。

④第二十八条第三項及び第五項の規定は、第一項の規定による届出について準用する。この場合において、同条第三項中「前項」とあるのは「第三十五条の五第二項」と、同条第五項中「前項」とあるのは「第三十五条の五第三項」と読み替えるものとする。

⑤次に掲げる行為については、第一項、第二項及び前項において準用する第二十八条第三項の規定は、適用しない。

環境大臣は、沖合海底自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要な限度において、船舶の船長その他の特定行為に関係があると認められる者に対し、特定行為の実施状況その他必要な事項について報告を求め、又はその職員に、船舶その他の必要な場所に立ち入り、特定行為の実施状況を検査させ、若しくは当該特定行為の自然環境に及ぼす影響を調査させることができる。

②第二十九条第二項及び第三項の規定は、前項の規定による立入検査又は立入調査について準用する。

第十八条の規定は沖合海底自然環境保全地域の区域内における特定行為に対する命令について、第二十一条の規定は当該区域内において国の機関又は地方公共団体が行う特定行為について、それぞれ準用する。この場合において、第十八条第一項中「前条第一項の規定に違反し、又は同条第二項の規定により許可に付された条件」とあるのは「第三十五条の四第三項の規定に違反し、若しくは同条第四項において準用する前条第二項の規定により許可に付された条件に違反した者、第三十五条の五第一項の規定による届出をせず、第三十五条の四第三項に規定する特定行為をした者又は第三十五条の五第二項の規定による処分」と、第二十一条第一項中「第十七条第一項ただし書又は第十九条第三項第五号」とあるのは「第三十五条の四第三項」と、同条第二項中「第十七条第三項」とあるのは「第三十五条の五第一項」と、「したとき」とあるのは「しようとするとき」と読み替えるものとする。

国は、沖合の区域の生物の多様性の確保その他の自然環境の保全に関する科学的知見の充実を図るため、これらに関する情報の収集、整理及び分析並びに研究の推進その他必要な措置を講ずるよう努めなければならない。

環境大臣は、この法律の目的を達成するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長、関係地方公共団体の長、関係する独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）の長その他の関係者に対し、沖合の区域の生物の多様性の確保その他の自然環境の保全に関し、資料又は情報の提供、意見の開陳その他必要な協力を求めることができる。

環境大臣、農林水産大臣及び経済産業大臣は、この法律の施行に当たつては、沖合海底自然環境保全地域における自然環境の保全に関する事項について、相互に緊密に連絡し、及び協力しなければならない。

第三十二条の規定は第三十五条の四第三項又は第三十五条の五第二項の規定による環境大臣の処分について、第三十三条第一項から第三項まで及び第三十四条の規定は第三十五条の四第三項の許可を得ることができないため、同条第四項において準用する第十七条第二項の規定により許可に条件を付されたため、又は第三十五条の五第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者について、それぞれ準用する。この場合において、第三十四条第一項中「前条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）」とあるのは、「第三十五条の十一において準用する前条第三項」と読み替えるものとする。

沖合海底自然環境保全地域に関する規定の適用に当たつては、当該地域において行われる漁業その他の生業の安定に配慮しなければならない。

保全事業（原生自然環境保全地域に関する保全事業及び自然環境保全地域に関する保全事業をいう。以下同じ。）の執行に要する費用は、その保全事業を執行する者の負担とする。

国又は地方公共団体は、他の工事又は他の行為により保全事業の執行が必要となつた場合においては、その原因となつた工事又は行為について費用を負担する者に、その保全事業の執行が必要となつた限度において、その費用の全部又は一部を負担させることができる。

国又は地方公共団体は、保全事業の執行により著しく利益を受ける者がある場合においては、その者に、その受益の限度において、その保全事業の執行に要する費用の一部を負担させることができる。

前二条の規定による負担金の徴収方法その他負担金に関して必要な事項は、政令又は条例で定める。

第三十七条又は第三十八条の規定による負担金を納付しない者があるときは、環境大臣又は当該地方公共団体の長は、督促状によつて納付すべき期限を指定して督促しなければならない。

②前項の場合においては、環境大臣は環境省令で定めるところにより、当該地方公共団体の長は条例で定めるところにより、延滞金を徴収することができる。

ただし、延滞金は、年十四・五パーセントの割合を乗じて計算した額をこえない範囲内で定めなければならない。

③環境大臣又は地方公共団体の長は、第一項の規定による督促を受けた者がその指定する期限までにその納付すべき金額を納付しないときは、当該負担金が国の収入となる場合にあつては国税の、地方公共団体の収入となる場合にあつては地方税の滞納処分の例により、前二項に規定する負担金及び延滞金を徴収することができる。この場合における負担金及び延滞金の先取特権の順位は、国税及び地方税に次ぐものとする。

④延滞金は、負担金に先だつものとする。

国は、予算の範囲内において、政令で定めるところにより、保全事業を執行する都道府県に対して、その保全事業の執行に要する費用の一部を補助することができる。