ข้อ ๓ ให้ ศปมผ. มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(๑) กำหนดแนวทางของไทยและจัดทำแผนปฏิบัติการแห่งชาติในการแก้ปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม (Thailands National Plan of Action to Prevent, Deter and Eliminate IUU Fishing, NPOA - IUU) ตลอดจนกำกับดูแลการปฏิบัติให้เป็นไปตามแผนนั้น รวมถึงดำเนินงานทำความเข้าใจกับสหภาพยุโรป
(๒) ควบคุม สั่งการ กำกับดูแล และประสานการปฏิบัติการทั้งปวงของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ กระทรวงคมนาคม กระทรวงมหาดไทย กระทรวงแรงงาน สำนักงานตำรวจแห่งชาติ และส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้องกับการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม
(๓) พิจารณาเสนอแนะ ปรับปรุง แก้ไขเพิ่มเติม รวมทั้งพัฒนากฎหมาย กฎ ระเบียบที่เกี่ยวข้องกับการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมายให้เป็นมาตรฐานสากล โดยเฉพาะอย่างยิ่งการป้องกันการทำการประมงผิดกฎหมายและบทลงโทษที่เหมาะสม
(๔) กำหนดโครงสร้างและอัตรากำลังของ ศปมผ. โดยในโครงสร้างนี้ต้องกำหนดให้มีศูนย์ควบคุมการแจ้งเรือเข้า - ออก รวมถึงศูนย์ให้บริการและอำนวยความสะดวกแก่เรือประมงแบบเบ็ดเสร็จประจำในแต่ละจังหวัดชายทะเล
(๕) แต่งตั้งเจ้าหน้าที่ที่จะปฏิบัติงานใน ศปมผ. จากข้าราชการหรือผู้ปฏิบัติงานในส่วนราชการต่าง ๆ ได้ตามความเหมาะสม
(๖) แต่งตั้งคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการ และคณะทำงาน เพื่อดูแลรับผิดชอบเรื่องใดเรื่องหนึ่งโดยเฉพาะได้ตามความเหมาะสม
(๗) เชิญผู้ทรงคุณวุฒิ ข้าราชการ เจ้าหน้าที่หน่วยงานของรัฐ หรือภาคเอกชน รวมทั้งหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง และผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย เพื่อร่วมประชุมแนวทางการดำเนินงาน ประสานการปฏิบัติและติดตามผลการดำเนินงานตามความเหมาะสม
(๘) ประสานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อเร่งยกระดับความร่วมมือกับประเทศที่สามโดยเฉพาะประเทศที่เรือที่ชักธงไทยเข้าไปทำการจับปลาในน่านน้ำของประเทศนั้น เพื่อให้สอดคล้องกับพันธกรณีระหว่างประเทศ
(๙) รายงานผลการปฏิบัติให้หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติทราบอย่างต่อเนื่องจนกว่าสหภาพยุโรปได้ยกเลิกประกาศเตือนประเทศไทยว่าเป็นประเทศที่ไม่มีมาตรการอย่างเพียงพอในการป้องกัน ยับยั้ง และขจัดการทำประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม
(๙/๑)[๑] ในการดำเนินการตาม (๑) (๒) หรือ (๓) หากกรณีเป็นเรื่องสำคัญตามนโยบายของรัฐบาลและมีผลกระทบอย่างกว้างขวาง ให้ ศปมผ. นำเรื่องดังกล่าวขอความเห็นชอบจากคณะกรรมการขับเคลื่อนและปฏิรูปการบริหารราชการแผ่นดิน คณะที่ ๕ ซึ่งแต่งตั้งโดยคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ ๓๘๐/๒๕๕๘ ลงวันที่ ๘ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๕๘ ก่อนนำเรียนนายกรัฐมนตรีพิจารณาสั่งการ
(๙/๒)[๒] ในการดำเนินการตาม (๑) (๒) หรือ (๓) หากกรณีเป็นเรื่องทั่วไป หรือเรื่องที่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติของหลายหน่วยงานของรัฐทั้งที่เป็นและมิได้เป็นส่วนราชการ และมิใช่เป็นกรณีตาม (๙/๑) ให้ ศปมผ. เสนอขอความเห็นชอบจากคณะกรรมการขับเคลื่อนและปฏิรูปการบริหารราชการแผ่นดิน คณะที่ ๕ ซึ่งแต่งตั้งโดยคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ ๓๘๐/๒๕๕๘ ลงวันที่ ๘ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๕๘ หรือคณะอนุกรรมการซึ่งคณะกรรมการมอบหมายให้พิจารณาให้ความเห็นชอบแทนคณะกรรมการและเมื่อได้รับความเห็นชอบแล้ว ให้ ผบ.ศปมผ. พิจารณาสั่งการ หรือดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้องต่อไป
(๑๐) ปฏิบัติการอื่นตามที่นายกรัฐมนตรีมอบหมาย