聯合會置會長一人，副會長二人，均為無給職，由會員代表就具有農田水利會會長身分者選舉之。會長、副會長任期四年，連選得連任一次。
農田水利會聯合會組織規程 第五章 執行機構
§ 10–16共 7 條
聯合會會長綜理會務，指揮監督所屬員工，並對外代表聯合會。會長因故不能執行職務時，指定副會長一人代理之。
聯合會置總幹事一人，襄助會長處理會務，由會長就具農田水利工程學識經驗或農田水利行政經驗者，遴報中央主管機關核准後任用。
聯合會設企劃、業務、行政三組，並得分課辦事。
聯合會置副總幹事二人、組長三人、課長七人、專員二至三人、工程師四至五人、副工程師四至六人、組員十至十二人、技工、工友二至四人。組長得由副總幹事、工程師或專員兼任，課長得由工程師、副工程師、專員或組員兼任。實際任用人數，依核定之年度預算員額定之。
前項組長以上人員之任免，應先報請中央主管機關核定，其餘人員報請中央主管機關備查。
聯合會得視業務特殊需要，提經會員大會通過報請中央主管機關核准後，專案約聘研究人員。
聯合會得視業務需要，報請中央主管機關核准後，設置各種委員會。
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