聯合會會長、副會長之選舉或罷免，由中央主管機關召集及主持，並由聯合會負責有關作業事宜。
農田水利會聯合會組織規程 第六章 選舉與罷免
§ 17–20共 4 條
聯合會會長、副會長之選舉方式，應有全體會員代表過半數之出席，以投票互選之，以得票數最高並獲出席會員代表過半數者為當選。如得票數均未過半數時，以得票最高之前二人為候選人，重行投票，以最高票者為當選。
副會長分第一副會長、第二副會長，分次選舉產生。
聯合會會長、副會長之罷免，應經會員代表二分之一以上之連署；會員代表四分之三以上之出席，並經出席會員代表三分之二以上之同意，罷免之。
聯合會會長出缺時，由第一副會長、第二副會長依序繼任，會長及副會長均出缺時，由總幹事代行其職權，其出缺，由聯合會於十日內通報中央主管機關，中央主管機關於接到通報後於一個月內召集會員大會補選之。但遺留任期未滿一個月者，不補選。
前項會長、副會長經繼任、補選者，均以補足原任會長、副會長未滿之任期為止。
聯合會會長、副會長在任期中因其所屬農田水利會之會長重新遴派而續任者，其職務，不視為出缺。
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