聯合會會長出缺時，由第一副會長、第二副會長依序繼任，會長及副會長均出缺時，由總幹事代行其職權，其出缺，由聯合會於十日內通報中央主管機關，中央主管機關於接到通報後於一個月內召集會員大會補選之。但遺留任期未滿一個月者，不補選。 前項會長、副會長經繼任、補選者，均以補足原任會長、副會長未滿之任期為止。 聯合會會長、副會長在任期中因其所屬農田水利會之會長重新遴派而續任者，其職務，不視為出缺。
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