聯合會經費來源如下：
一、會費收入。
二、事業收入。
三、財產收入。
四、補助或委辦收入。
五、會員捐助收入。
六、其他收入。
前項第一款之會費，分為固定負擔額及依各農田水利會灌溉排水系統所轄面積為準之比例分擔額等兩部分；其數額與所佔比例，由會員大會議決，報請中央主管機關核定後由會員繳納之。
第一項第五款之會員捐助，由會員視該農田水利會之財務狀況本互助合作宗旨捐助之。
農田水利會聯合會組織規程 第七章 經費
§ 21–26共 6 條
經中央主管機關指定代收經管農田水利會經費之金融機構，未能依本通則第三十二條規定提撥盈餘作為聯合會之輔導費用或聯合會對提撥盈餘計算標準有異議時，得由聯合會報請中央主管機關協調辦理。
中央主管機關得編列經費補助聯合會推動業務。
聯合會應依中央主管機關核定之會計制度，分別於會計年度開始二個月前編造預算及終了三個月內編造決算，提經會員大會議決後，報請中央主管機關核定。
聯合會歲出預算之固定資產支出，應於年度前專案報請中央主管機關核准後編列。
聯合會為促進農田水利會之互助合作共同發展，得設農田水利會互助合作共同發展基金；其管理及運用辦法，由中央主管機關另訂之。
前項基金之來源如下：
一、聯合會撥款。
二、會員出資。
三、其他出資、補助或捐助。
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