中央行政機關組織基準法第11條規定了機關組織的設立、調整或裁撤程序。根據該條規定，一級機關的設立需要直接提案並送請立法院審議。至於二級機關、三級機關以及獨立機關的設立則由其上級機關或上級指定之機關擬案，報請一級機關轉請立法院審議。 舉例來說，如果有一個機關希望設立為獨立機關，它需要由該機關的上級機關或是上級指定之機關準備相關的擬案，然後將此擬案提交給一級機關，並由一級機關提案送請立法院進行審議。 這項資料來源於《中央行政機關組織基準法》本身。
機關組織依本法規定以法律定之者，其設立依下列程序辦理： 一、一級機關：逕行提案送請立法院審議。 二、二級機關、三級機關、獨立機關：由其上級機關或上級指定之機關擬案，報請一級機關轉請立法院審議。 機關之調整或裁撤由本機關或上級機關擬案，循前項程序辦理。
立法理由明定機關組織以法律定之者應踐行之程序。
明定機關組織以法律定之者應踐行之程序。
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