機要室分設三科，各科掌理事項如下： 一、第一科 （一）關於總統、副總統機要文件之簽辦及文稿之撰擬事項。 （二）關於總統、副總統致賀國內外人士新歲及受賀新歲、華誕、就職案之處理事項。 （三）關於本府通訊保密裝備聯繫暨軍用密語文件之保管與處理。 （四）關於總統、副總統攝影事項。 （五）其他奉交辦事項。 二、第二科 （一）關於總統、副總統名章之典守及鈐蓋事項。 （二）關於總統、副總統手令之登錄及承轉事項。 （三）關於總統、副總統私人文件之檔案管理事項。 （四）其他奉交辦事項。 三、第三科 （一）關於外國民間團體請蒞臨或請頒英文書面賀詞案簽辦事項。 （二）關於本府重要英文函件或資料簽辦事項。 （三）關於本府重要外文文件資料中譯或重要中文文件資料英譯事項。 （四）關於外國人士建議、請助等函件簽辦或迻譯事項。 （五）其他奉交辦事項。
根據中華民國總統府處務規程第12條，機要室分為三科，分別掌理不同的事項。具體來說： 第一科： 1. 負責總統、副總統機要文件的簽辦和文稿的撰擬事項。 2. 處理總統、副總統向國內外人士賀新歲、接受祝賀新歲、華誕、就職等相關事項。 3. 負責總統府通訊保密裝備聯繫和軍用密語文件的保管和處理。 4. 處理總統、副總統的攝影事項。 5. 處理其他交辦的事項。 第二科： 1. 負責總統、副總統印章的保管和使用事項。 2. 處理總統、副總統手令的登錄與承轉事項。 3. 管理總統、副總統的私人文件檔案。 4. 處理其他交辦的事項。 第三科： 1. 處理外國民間團體請訪或請頒英文賀詞的簽辦事項。 2. 處理重要的英文函件或資料的簽辦事項。 3. 負責重要外文文件資料的中譯或重要中文文件資料的英譯事項。 4. 處理外國人提出的建議、求助函件的簽辦或翻譯事項。 5. 處理其他交辦的事項。 這些條文是根據中華民國法令訂定的，並反映了總統府機要室的職權和事務範圍。根據這些條文所述，機要室在總統府內具有重要的機密工作職能和責任。
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