會計處分設三科，各科掌理事項如下： 一、第一科 （一）公務統計資料彙整建檔。 （二）統計定期報表編輯製作。 （三）專案統計資料蒐集報告。 （四）其他奉交辦事項。 二、第二科 （一）本府主管概算、預算案及預算等編製事項。 （二）本府單位概算、預算案及預算之編製。 （三）所屬機關有關經費動支之核轉事項。 （四）本府年度預算案及決算立法院審議之備詢資料彙整事項。 （五）本府單位預算執行控制、內部審核及單位決算之編製等事項。 （六）其他奉交辦事項。 三、第三科 （一）本府歲入、歲出各種報表及主管決算編製等事項。 （二）各類傳票及付款、轉帳憑單編製、簿籍帳務登記；辦理預算執行收入支出單據憑證保管送審等事項。 （三）本府主計人事等相關案件及系統維護。 （四）本處公文收發用印及綜合性業務之辦理及追蹤。 （五）其他奉交辦事項。
根據中華民國總統府處務規程第16條，會計處分為三個科，各科分別負責以下事項： 第一科： 1. 彙整公務統計資料建檔。 2. 編製統計定期報表。 3. 蒐集和報告專案統計資料。 4. 處理其他指派的事項。 第二科： 1. 負責府內主管概算、預算案和預算等的編制。 2. 負責府內各單位的概算、預算案和預算的編制。 3. 處理所屬機關有關經費支出的核轉事項。 4. 負責彙整本府年度預算案和決算的審議備詢資料。 5. 負責府內各單位預算執行的控制、內部審核和單位決算的編制等事項。 6. 處理其他指派的事項。 第三科： 1. 負責編製本府的歲入、歲出各種報表和主管決算等事項。 2. 負責編製各種傳票、付款憑單、轉帳憑單、帳務登記，以及處理預算執行收支相關的單據憑證保管送審等事項。 3. 負責本府主計人事和系統維護等相關案件。 4. 處理本處公文的收發用印、綜合性業務的辦理和追蹤。 5. 處理其他指派的事項。 以上是根據總統府處務規程第16條所提供的相關資訊，以及參考相關法規所得出的解釋。
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