主任秘書承長官之命，處理業務，其權責如下： (一) 關於文稿之綜核及代判事項。 (二) 關於機密及重要文件之處理及分配事項。 (三) 關於交辦重要會議之籌劃及參加事項。 (四) 關於與各機關之聯繫、協調及質詢、調查案件之分辦事項。 (五) 關於行政業務之管制考核事項。 (六) 關於分層負責權責範圍內事務之決定事項。 (七) 關於職責上應隨時提請主任委員、副主任委員注意之重要事項。 (八) 關於主任委員、副主任委員交辦事項。 (九) 關於委員會議之交辦事項。 (十) 關於各單位業務之協調及權責之核議事項。 (十一) 關於主任委員、副主任委員不在會時，會務之代理事項。
根據行政院體育委員會辦事細則第13條，主任秘書的權責如下： (一) 綜核及代判文稿事項：主任秘書負責審核文稿並做出判定。 (二) 機密及重要文件處理及分配事項：主任秘書負責處理和分發機密和重要文件。 (三) 重要會議籌劃及參加事項：主任秘書負責籌劃和參加交辦的重要會議。 (四) 機關之聯繫、協調、質詢、調查案件分辦事項：主任秘書負責與其他機關聯繫、協調，以及分辦質詢和調查案件。 (五) 行政業務管制考核事項：主任秘書負責考核行政業務的管制情況。 (六) 分層負責權責範圍內事務之決定事項：主任秘書負責在其負責的事務範圍內做出決定。 (七) 提請主任委員、副主任委員注意之重要事項：主任秘書負責提請主任委員和副主任委員注意的重要事項。 (八) 主任委員、副主任委員交辦事項：主任秘書負責處理主任委員和副主任委員交辦的事項。 (九) 委員會議交辦事項：主任秘書負責處理委員會議交辦的事項。 (十) 各單位業務協調及權責核議事項：主任秘書負責協調各單位的業務和核議權責事項。 (十一) 主任委員、副主任委員不在會時的會務代理事項：主任秘書負責代理處理主任委員和副主任委員不在會時的會務事項。 以上資訊參考來自行政院體育委員會辦事細則，由行政院體育委員會所發布。
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