根據自由貿易港區設置管理條例第31條的內容，針對自由港區事業的一些情況進行了規定： 1. 自由港區事業結束營業、廢止或撤銷營運許可時，如果在盤點結算中發現有機器、設備或存貨短缺的情況，則需要支付相應的關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費和商港服務費。 2. 經營自由港區事業的申請人如果被撤銷或廢止了籌設許可，則之前享受到的關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費和商港服務費減免，需要進行相應的補徵。不過，在籌設許可被廢止或撤銷後的六個月內，將國外進口的自用機器和設備原貨復運出口的情況則不在此補徵的範圍內。 3. 在進行相關稅費補徵或自用機器、設備復運出口之前，該自用機器和設備需要由自由港區管理機關進行監管。 這些規定涉及了自由港區事業結束營業、廢止或撤銷時的責任和義務，以及申請經營自由港區事業的相關稅費補徵的規定。
國際金融業務分行得辦理自由貿易港區事業之外幣信用狀、通知、押匯、進出口託收、外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
立法理由照黨團協商條文通過。
自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
立法理由條次變更，本條為原條文第二十八條移列，內容未修正。
自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。 申請經營自由港區事業取得籌設許可者，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可時，其於籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但自廢止或撤銷其籌設許可之翌日起算六個月內，將國外運入之自用機器、設備原貨復運出口者，不在此限。 前項自用機器、設備於辦理相關稅費補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管。
立法理由一、原條文移列為第一項。 二、配合第二十一條第四項及第二十四條第四項規定，增訂第二項及第三項定明申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設階段經自由港區管理機關廢止或撤銷籌設許可時，其於籌設期間自國外或課稅區運入自用機器、設備減免之稅費應予補徵或於六個月內原貨復運出口，補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管，以玆明確。
照黨團協商條文通過。
條次變更，本條為原條文第二十八條移列，內容未修正。
一、原條文移列為第一項。 二、配合第二十一條第四項及第二十四條第四項規定，增訂第二項及第三項定明申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設階段經自由港區管理機關廢止或撤銷籌設許可時，其於籌設期間自國外或課稅區運入自用機器、設備減免之稅費應予補徵或於六個月內原貨復運出口，補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管，以玆明確。
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