根據自由貿易港區設置管理條例第36條，自由港區有以下規定： 1. 在自由港區內，除了管理人員、警衛人員、自由港區內的事業員工、經自由港區管理機關同意的商務人士或有正當事由的人員，其他人不得在自由港區內居住。 2. 自由港區內的事業應向自由港區管理機關報請核發長期入出許可證或通行證，包括員工名冊和照片。其他人員則需向自由港區管理機關申請臨時入出許可證或通行證，持證方可進出自由港區。 3. 進出自由港區的人員、車輛和物品，必須憑著相關許可放行文件經由管理機關指定的地點進出，並接受警衛人員的必要檢查。 4. 有關人員和車輛的入出和居住許可的資格、申請程序、相關文件的附呈、許可撤銷和廢止，以及其他應遵循的事項，由主管機關制定辦法。 範例： 根據主管機關制定的辦法，自由港區內的事業應向管理機關申請長期入出許可證或通行證，並需要提供員工名冊和照片作為申請資料。另外，若有其他人員需要進出自由港區，則需向管理機關申請臨時入出許可證或通行證。所有人員、車輛和物品進出自由港區時，都必須憑著相關的許可放行文件，並在指定地點接受警衛人員的檢查。
自由港區事業違反第十八條第二項或第三項規定，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未改正者，得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。
立法理由一、本條明定違反自主管理之處罰。 二、自主管理為自由港區內採行低度行政管制之前提，違反自主管理之規定者，過失輕重或故意之情節差異甚鉅，故處罰之方法自警告、限期改正、連續罰鍰、停止一定期間之進儲貨物乃至廢止營運許可，由海關視實際情形裁量判斷決定之。
自由港區內，除管理人員、警衛人員、自由港區內之事業值勤員工、進入自由港區之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得在區內居住。 自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證，憑以入出自由港區。 進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。 前三項所定人員、車輛與物品之入出與居住管理及其相關事項之辦法，由主管機關定之。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第三十三條移列。 二、修正第四項授權訂定辦法之內容，並依現行法律體例，將辦法之訂定機關提升至二級機關（交通部）。
自由港區內，除管理人員、警衛人員、自由港區內之事業值勤員工、進入自由港區之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得在區內居住。 自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證或通行證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證或通行證，憑以入出自由港區。 進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。 前三項所定人員及車輛申請入出與居住許可之資格、申請程序、檢附之文件、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
立法理由一、第一項及第三項未修正。 二、因商港法第三十五條規定進出商港管制區域之許可文件為通行證，為求雙證統一，爰修正第二項。 三、原條文第十七條第六項已就貨物進出自由港區授權訂定辦法規範之，爰就第四項物品入出授權訂定辦法部分予以刪除，另就人員及車輛入出及居住授權訂定辦法之規範內容及範圍酌作修正，以符授權明確性。
一、本條明定違反自主管理之處罰。 二、自主管理為自由港區內採行低度行政管制之前提，違反自主管理之規定者，過失輕重或故意之情節差異甚鉅，故處罰之方法自警告、限期改正、連續罰鍰、停止一定期間之進儲貨物乃至廢止營運許可，由海關視實際情形裁量判斷決定之。
一、條次變更，本條為原條文第三十三條移列。 二、修正第四項授權訂定辦法之內容，並依現行法律體例，將辦法之訂定機關提升至二級機關（交通部）。
一、第一項及第三項未修正。 二、因商港法第三十五條規定進出商港管制區域之許可文件為通行證，為求雙證統一，爰修正第二項。 三、原條文第十七條第六項已就貨物進出自由港區授權訂定辦法規範之，爰就第四項物品入出授權訂定辦法部分予以刪除，另就人員及車輛入出及居住授權訂定辦法之規範內容及範圍酌作修正，以符授權明確性。
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