根據自由貿易港區設置管理條例第37條的規定： 1. 如果自由港區事業違反第十五條第一項的規定，海關可以處以新台幣三萬元以上三十萬元以下的罰鍰，並且可以在三十日內要求退運出自由港區或者將貨物沒入。 2. 如果自由港區事業在前一項所指定的期限內未能退運出貨物，海關可以按次處罰。如果在遭到處罰三次後仍未能退運出貨物，海關可以停止其六個月以下的進儲貨物，或者由自由港區管理機關廢止其營運許可。 3. 如果自由港區事業違反第十六條第一項的規定，海關可以處以新台幣三萬元以上三十萬元以下的罰鍰。如果情節特別嚴重，海關可以停止其六個月以下的進儲貨物，或者由自由港區管理機關廢止其營運許可。 根據最高行政法院105年度判字第644號判決，如果自由港區事業違反第十五條第一項的規定，且情節特別嚴重，比如違反禁運的物品進入自由港區，海關可以停止其六個月以下的進儲貨物，或者由自由港區管理機關廢止其營運許可。
自由港區事業違反第十九條規定者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未改正者，廢止其營運許可。
立法理由照黨團協商條文通過。
自由港區事業違反第十五條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。 未依前項所定期限退運出區者，海關得按次處罰；經處罰三次仍未退運出區者，得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。 自由港區事業違反第十六條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第三十四條移列。 二、修正原條文第一項及第二項，明定處分機關，及配合修正條文第十五條，修正第一項所引條項次。 三、增訂第三項，明定違反修正條文第十六條第一項規定之罰責。
照黨團協商條文通過。
一、條次變更，本條為原條文第三十四條移列。 二、修正原條文第一項及第二項，明定處分機關，及配合修正條文第十五條，修正第一項所引條項次。 三、增訂第三項，明定違反修正條文第十六條第一項規定之罰責。
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