各非營業基金應依下列規定，擬編業務計畫與預算，依規定時間陳報主管機關： 一、應設置年度計畫與預算審核會議或類似組織，由主持人、各部門主管及高級幕僚組成，並儘量邀請熟悉業務之基層人員參加或提供意見。二、應切實依照主管機關之指示及行政院主計處所定共同項目編列標準辦理。 三、有關投資事項，其完成期限超過一年度者，應列明計畫內容、投資總額、執行期間及各年度之分配額；依本預算期間之分配額編列本次預算。 四、依預算法第八十八條規定，報經核准辦理補辦預算之項目，補辦預算時，應於其預算書列明計畫內容與預算金額。 五、所屬各基金應編製分預算；另轉投資於其他事業持股比例超過百分之五十者，該被投資事業亦應編製分預算。均併入各該基金附屬單位預算表達。
根據中華民國八十八年下半年及八十九年度中央政府總預算附屬單位預算編製辦法第12條的規定，非營業基金應按照以下規定擬定業務計畫和預算，並在指定的時間內向主管機關報告： 1. 應設立年度計畫與預算審核會議或類似組織，由主持人、各部門主管和高級幕僚組成，並應盡量邀請熟悉業務的基層人員參加或提供意見。 2. 應根據主管機關的指示和行政院主計處確定的共同項目編列標準進行編列。 3. 關於投資事項，如果完成期限超過一個財政年度，應列明計畫內容、投資總額、執行期間以及各年度的分配額；按照這個財政年度的分配額編列本次預算。 4. 根據預算法第八十八條的規定，當進行補辦預算核准時，應在預算書中列明計畫內容和預算金額。 5. 應編製各基金的分預算；對於將超過百分之五十的持股比例轉投資於其他事業的情況，被投資事業也應編製分預算。以上預算都應併入各基金附屬單位的預算表中。 根據這些規定，非營業基金應按照主管機關的指示和行政院主計處確定的共同項目編列標準，進行業務計畫和預算的編製。如果有涉及投資的事項，需要清楚列明計畫內容、投資總額、執行期間以及各年度的分配額。在進行補辦預算核准時，應將計畫內容和預算金額列入預算書中。此外，各基金和被投資的事業也應分別編製預算並納入相應的預算表中。
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