船舶入出離島兩岸通航港口，港務及棧埠管理相關業務，應依各該港口港務及棧埠管理規定辦理。
根據試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法第9條，船舶入出離島兩岸通航港口的港務及棧埠管理相關業務，應依各該港口的港務及棧埠管理規定辦理。具體的規定和辦理方式需參考相關的港務及棧埠管理規定。舉一個與參考資料有關的例子是，試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法第4條中提到了金門快輪的通關作業，這可能與港務及棧埠管理的規定有關。
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