保育研究課之職掌如左： 一、關於本區域內自然資源之保育研究、經營及其執行、監督事項。 二、關於本區域內人文資料之蒐集、研究與管理事項。 三、關於本區域內各種標本之採集製作、標示研究與保管事項。 四、關於本區域內保育研究成果之應用與推廣事項。 五、關於本區域內危害毀損自然資源及人文資料行為之處理與監督事項。六、其他有關保育研究事項。
根據內政部營建署墾丁國家公園管理處辦事細則第7條，保育研究課的職掌包括以下六項： 一、關於墾丁國家公園內自然資源的保育研究、經營以及其執行和監督事項。 例如，該課負責研究並監督墾丁國家公園內的生物多樣性、生態系統以及自然景觀的保護和管理。 二、關於墾丁國家公園內人文資料的蒐集、研究和管理事項。 這包括了對該國家公園內的人文歷史、文化遺產和傳統知識的研究、蒐集，並確保其保存和傳承。 三、關於墾丁國家公園內各種標本的採集製作、標示研究和保管事項。 這包括對墾丁國家公園內各種生物標本的收集、製作、標示、研究和保管工作，以支援相關的保育和研究活動。 四、關於墾丁國家公園內保育研究成果的應用和推廣事項。 該課負責將墾丁國家公園內的保育研究成果應用到實際的保護和管理工作中，並進行相關的推廣活動，以增加公眾對保育工作的認識和參與。 五、關於墾丁國家公園內危害毀損自然資源和人文資料的行為的處理和監督事項。 該課負責處理和監督墾丁國家公園內任何危害和損壞自然資源和人文資料的行為，並采取相應的應對措施。 六、其他相關的保育研究事項。 這包括了該課所負責的其他任務和活動，以支援墾丁國家公園的保育和研究工作。 這些職掌和責任確保了内政部營建署墾丁國家公園管理處保育研究課對墾丁國家公園的保育和研究工作的有效執行和監督。
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