本處處長綜理處務，副處長襄理處務並設左列各課、室及人事、會計人員：
一、企劃經理課。
二、工務建設課。
三、觀光遊憩課。
四、保育研究課。
五、解說教育課。
六、秘書室。
七、人事管理員。
八、會計員。
內政部營建署墾丁國家公園管理處辦事細則 第二章 職掌
§ 3–11共 9 條
企劃經理課之職掌如左：
一、關於本處各項計畫之擬訂及規劃事項。
二、關於本國家公園區域 (以下簡稱本區域) 內土地分區使用申請案件之審核事項。
三、關於本區域內管制要點之擬定事項。
四、關於本處與各有關機關之協調、配合事項。
五、關於本區域內用地取得之處理事項。
六、關於本區域內國家公園事業投資經營之監督事項。
七、關於國家公園法規之蒐集、研究事項。
八、關於本區域內違反國家公園法事件之處理事項。
九、其他有關企劃經理事項。
工務建設課之職掌如左：
一、關於本區域內工程之規劃事項。
二、關於本區域內工程之測量、設計事項。
三、關於本區域內工程之發包、施工及監督事項。
四、關於本區域內造林事項。
五、其他有關工務建設事項。
觀光遊憩課之職掌如左：
一、關於本區域內遊憩區之規劃管理事項。
二、關於本區域內遊憩事業之督導考核事項。
三、關於本區域內遊憩設施之維護管理事項。
四、關於本區域內環境及秩序之維護改善事項。
五、關於各遊客服務中心、服務站之管理及督導事項。
六、關於本區域內觀光遊客資料之蒐集、統計及分析事項。
七、其他有關觀光遊憩事項。
保育研究課之職掌如左：
一、關於本區域內自然資源之保育研究、經營及其執行、監督事項。
二、關於本區域內人文資料之蒐集、研究與管理事項。
三、關於本區域內各種標本之採集製作、標示研究與保管事項。
四、關於本區域內保育研究成果之應用與推廣事項。
五、關於本區域內危害毀損自然資源及人文資料行為之處理與監督事項。六、其他有關保育研究事項。
解說教育課之職掌如左：
一、關於本區域內公園解說與環境教育之規劃、設計、執行與監督事項。二、關於本區域內公園解說與環境教育之推廣與研究事項。
三、關於本區域內公園解說人員訓練事項。
四、關於本區域內公園解說與環境教育資料之蒐集、編製、貯存與展示事項。
五、其他有關解說教育事項。
秘書室之職掌如左：
一、關於本處研考事項。
二、關於本處公文之收發、繕校、用印、分發事項。
三、關於本處機要文電處理及印信、典守事項。
四、關於本處公文時效管制及改進事項。
五、關於本處業務會議之協辦及處務會議之會議紀錄事項。
六、關於本國家公園事業經營收支之處理事項。
七、關於本處公用車輛設置標準之訂定及車輛之購置報廢保養管理事項。八、關於本處員工實物配給之領發事項。
九、關於本處財產之登記、物品之採購、保管、分發及現金出納員工薪津之領發有價證券之保管事項。
十、關於本處檔案管理事項及文件報告之編印事項。
十一、關於本處廳舍及眷舍之營繕及分配管理事項。
十二、關於本處技工、工友之管理事項。
十三、關於本處公保費、勞保費、福利互助金之計算及繳納事項。
十四、其他不屬各課之職掌事項。
人事管理員、查核人員之職掌如左：
一、人事管理員之職掌如左：
(一) 關於本處組織編制及員額分配事項。
(二) 關於本處人事管理規定之擬訂事項。
(三) 關於本處職位分類及加強職位功能事項。
(四) 關於本處任免、遷調、銓審及俸給事項。
(五) 關於本處職員差假勤惰及品德生活之管理、考核事項。
(六) 關於本處職員考績、獎懲事項。
(七) 關於本處職員退休、資遺及撫卹事項。
(八) 關於本處員工實物配給、房租津貼之核辦事項。
(九) 關於本處各項補助 (互助) 津貼及福利，公務人員保險事項。
(十) 關於本處職員訓練、進修及考察事項。
(十一) 關於本處員工及眷屬入出境之辦理事項。
(十二) 關於本處人事資料之登記管理事項。
(十三) 其他有關人事管理事項。
二、人事查核人員之職掌如左：
(一) 關於本處員工保防教育事項。
(二) 關於本處員工之進用、升遷、調免之忠誠調查事項。
(三) 關於本處員工忠誠資料之蒐集與處理事項。
(四) 關於本處安全維護工作之執行事項。
(五) 關於本處政治風氣資料之蒐集與處理事項。
(六) 關於本處公務機密維護檢查事項。
(七) 關於本處員工及眷屬出入境之查核事項。
(八) 其他有關保防及安全事項。
本處會計人員之職掌如左：
一、關於本處歲入、歲出、概算資料之蒐集、編製事項。
二、關於本處預算之分配及執行事項。
三、關於本處各種會計報告之編製、陳報事項。
四、關於本處經費收支、審核憑證保管及送審事項。
五、關於本處現金、票據及財務查核事項。
六、關於本處工程營繕、財物購置、處理之監辦事項。
七、關於本處財務上增進效能及減少不經濟支出之研議事項。
八、關於本處績效報告之編製、陳報事項。
九、關於本處會計人員管理事項。
十、其他有關歲計、會計及統計事項。
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