本局設警務科、海務科、船務科、後勤科、訓練科、國際科、秘書室、督察室、海洋資訊調查中心、勤務指揮中心、人事室及會計室，分別掌理本局組織條例及本細則第二章規定之有關業務。 本局設刑事警察隊、直屬船隊，分別掌理其應辦事項。
從上述提供的資料中無法找到內政部警政署水上警察局辦事細則第 3 條的內容，因此無法針對該條進行逐條解釋。
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