直轄市、縣（市）政府收到前條案件時，應依下列規定辦理： 一、於二十日內審查核定，並將核定結果以書面通知鄉（鎮、市、區）公所並檢還原調查審核表，由鄉（鎮、市、區）公所轉知原申請人。經核定不合第十一條之要件者，應以書面敘明其理由。 二、如認申請案件有疑義，應實地複查或向有關機關查證後核定；如因情形特殊難以核定者，應敘明理由及具體意見陳報主管機關核示後，依規定處理。
根據役男申請服替代役辦法第16條，直轄市、縣（市）政府在收到案件後應依以下規定辦理： 1. 在20天內進行審查核定，並將核定結果以書面通知鄉（鎮、市、區）公所，同時將原調查審核表返還給鄉（鎮、市、區）公所，由鄉（鎮、市、區）公所轉知原申請人。如果核定不符合第11條的要件，應以書面敘明理由。 2. 如果認為申請案件有疑義，應進行實地複查或向相關機關查證後進行核定；如果因特殊情況難以進行核定，應敘明理由並提出具體意見，報告主管機關核示後，按照規定進行處理。 例如，如果某名役男申請替代役，直轄市政府在接到申請後，需要在20天內進行審查核定，並將核定結果以書面通知鄉（鎮、市、區）公所，同時將原調查審核表返還給鄉（鎮、市、區）公所，鄉（鎮、市、區）公所轉知該名役男。如果該名役男的申請不符合第11條的要件，政府應以書面敘明理由。另外，如果政府對該名役男的申請案件有疑義，可能需要進行實地複查或向相關機關查證後進行核定，並在提出具體意見之前，敘明理由並報告主管機關核示。
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