根據平均地權條例施行細則第100條，代為扣繳之土地稅捐及滯納金的辦理程序如下： 1. 地政機關應製作補償地價清冊，清冊上應載明原規定地價或前次移轉原因發生日期及前次移轉現值。並在徵收或照價收買公告同時將該清冊函送稅捐稽徵機關。 2. 稅捐稽徵機關收到地政機關的通知後，應在十五天內逐筆查核填寫該清冊內的欠稅、滯納金以及應納土地增值稅數額。並將稅單函復給地政機關，由地政機關代為扣繳。 根據參考資料，舉一個相關的範例為台灣高速鐵路竹東段工程用地被徵收，其土地所有者尚欠繳土地稅和滯納金。根據平均地權條例施行細則第100條的規定，地政機關通知稅捐稽徵機關後，稅捐稽徵機關應填寫清冊，並將繳納通知書交給地政機關，由地政機關代為扣繳欠繳的稅款和滯納金。
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