環境保護大隊由直轄市、縣（市）政府環境保護局編組，指揮、監督、管制及運用所轄環境保護中隊，執行轄內環境消毒及環境清理任務，其編組如下： 一、置大隊長一人，由環境保護局局長兼任，綜理大隊務。 二、置副大隊長一人，由環境保護局副局長兼任，襄理大隊務。 三、置幹事若干人，由大隊長遴選環境保護局適當人員兼任，辦理大隊務。 四、設環境保護中隊：由直轄市、縣（市）政府環境保護局或鄉（鎮、市）公所清潔隊（環保課）編組。置中隊長一人，由直轄市、縣（市）政府環境保護局遴員或清潔隊隊長（環保課課長）兼任；置副中隊長一人、幹事若干人，由中隊長遴選直轄市、縣（市）政府環境保護局或清潔隊（環保課）適當人員兼任；隊員若干人，由直轄市、縣（市）政府環境保護局或清潔隊（環保課）人員、環保志工或協力廠商人員擔任，分別綜理、襄理、辦理中隊務、執行任務。
根據第15條的環境保護大隊編組訓練演習服勤及支援軍事勤務辦法，環境保護大隊負責指揮、監督、管制和運用所屬的環境保護中隊，並執行環境消毒和環境清理任務。編組如下： 1. 大隊長一人：由環境保護局局長兼任，負責綜理大隊事務。 2. 副大隊長一人：由環境保護局副局長兼任，協助處理大隊事務。 3. 幹事若干人：由大隊長從環境保護局選任適當人員兼任，負責辦理大隊事務。 4. 環境保護中隊：由直轄市、縣市政府的環境保護局或鄉（鎮、市）公所的清潔隊（環保課）組成。編組如下： - 中隊長一人：由環境保護局遴選的人員或清潔隊隊長（環保課課長）兼任。 - 副中隊長一人：由中隊長遴選的環境保護局或清潔隊（環保課）適當人員兼任。 - 幹事若干人：由中隊長遴選的環境保護局或清潔隊（環保課）適當人員兼任，負責協助處理中隊事務。 - 隊員若干人：由環境保護局或清潔隊（環保課）的人員擔任，分別負責綜理、襄理和辦理中隊事務，並執行任務。 參考資料：環境保護大隊編組訓練演習服勤及支援軍事勤務辦法，最新版本。
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