署長綜理署務，並指揮監督所屬機關及職員；副署長襄助署長處理署務；其他各級主管人員各就其主管業務或奉命辦理事項，指揮監督所屬職員辦理之。
根據行政院海岸巡防署辦事細則第4條，署長有綜理署務及指揮監督所屬機關及職員的責任。副署長則協助署長處理署務。其他各級主管人員則負責各自主管業務或根據命令處理事項，並指揮監督所屬職員的辦理工作。 這項條文內容提供了行政院海岸巡防署的組織架構，明確了各級主管人員在指揮監督所屬職員方面的責任。有關行政院海岸巡防署的辦事細則較難找到具體的參考資料，因此無法提供相關的範例。
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