本署各處、室、中心（以下簡稱各單位），應依下列規定處理業務： 一、對於本署執行法令有關事實認定之案件或行政院授權事項，應依據本署職權處理。 二、各單位有互相聯繫之事務，應由主辦單位會商有關單位辦理，如意見不同時，應陳請主任秘書以上長官裁奪。 三、各單位制（訂）定及修正法規時，應會商各有關機關或單位擬訂，並送法規委員會審查。但情形特殊經簽請主任秘書以上長官核定者，得免送審查。
根據行政院海岸巡防署辦事細則第 5 條的規定，該條規定了行政院海岸巡防署各單位的業務處理方式。具體來說： 1. 對於涉及行政院法令規定的案件或行政院授權的事項，各單位應按照行政院海岸巡防署的職權處理。 2. 各單位在處理相互聯繫的事務時，應由主辦單位與相關單位進行協商辦理。若意見不一致時，應將案件提交給主任秘書以上職位的長官裁定。 3. 各單位在制定、修訂法規時，應與相關機關或單位進行協商起草，並提交給法規委員會審查。然而，若情況特殊且經主任秘書以上長官簽核批准，則可以豁免審查程序。 根據法源資訊網公開發布時間，行政院海岸巡防署辦事細則可自105年11月16日起引用，並適用至今。此外，此部分資訊與文章中提到的判決書或判決書無直接相關，因此目前沒有其他具體的相關範例提供。
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