巡防組分設三科，各科掌理事項如下： 一、聯勤科： （一）關於共同性巡防政策、巡防事務之彙整事項。 （二）關於巡防法規、準則、業務手冊之修（訂）頒綜整事項。 （三）關於岸際巡防與國防事務權責劃分之協調及聯繫事項。 （四）關於本組年度施政計畫之編列管制及年報相關資料事項。 （五）關於巡防業務之各項會議（報）綜整事項。 （六）關於本組預算編製、執行管制事項。 （七）關於全民防衛業務及配合國軍協同作戰演訓事項。 （八）關於立法院院會巡防類備詢資料及監察院巡察之巡防類資料綜合相關事項。 （九）關於與行政院環境保護署協調聯繫、海洋污染處理裝備之維護及管理事項。 （十）關於海岸地區救難（災）之相關事項。 （十一）關於本組人事、行政綜合、公文收發、管制、歸檔等作業事項。（十二）關於本組不屬其他各科掌理事項。 二、岸勤科： （一）關於岸際巡防勤務規劃指導、督導計畫之策頒及考核事項。 （二）關於岸際巡防任務演訓訓令策訂及督考事項。 （三）關於友軍單位有關海岸巡防任務之協調聯繫事項。 （四）關於所屬機關勤務部署指導、長官視導之協調事項。 （五）關於岸際巡防單位建案之審查及協調事項。 （六）關於岸際巡防相關研究發展、指導執行、督考 事項。 （七）關於海岸管制區範圍審查及會銜公告事項。 （八）關於特種警衛勤務之協調聯繫事項。 （九）關於岸巡單位調整之計劃、審核、協調及督（指）導事項。 （十）關於南沙指揮部人員、裝備運補之協調聯繫事項。 （十一）關於與空中勤務有關之協調聯繫事項。 （十二）關於巡防艇組及偵巡艇組勤務規劃指導、督導計畫之策頒及考核事項。 三、訓練科： （一）關於年度訓練計畫與各項訓練綱要計畫擬定、督導及指導事項。 （二）關於人員研習中心訓練計畫之協調事項。 （三）關於船艇專業訓練計畫擬訂與考照之協調、聯絡及管制事項。 （四）關於訓練（運動）場地、器材之建案、管制及指導事項。 （五）關於訓練用彈、用油之申請、撥發、運用及管制事項。 （六）關於服勤犬訓練、運用之管制及督導事項。 （七）關於射擊通報之轉發、核定及管制事項。 （八）關於訓練中、長程施政計畫之研擬、管制事項。 （九）關於水中求、救生及潛水訓練計畫擬訂與考照之協調、聯絡及管制事項。 （十）關於海安演習事項。 （十一）關於特勤隊訓練、鑑測事項。 （十二）其他有關訓練事項。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局辦事細則第8條，巡防組分為三科，各科掌理不同事項。具體來說： 1. 聯勤科： - 負責綜合共同性巡防政策和事務的彙整。 - 負責修訂、頒佈巡防法規、準則和業務手冊等相關文件。 - 協調並聯繫岸際巡防和國防事務權責劃分。 - 編制管制和年報相關資料的施政計畫。 - 綜合處理與巡防業務相關的會議和報告等事項。 - 負責預算編制和執行的管制事項。 - 管理全民防衛業務，並配合國軍協同作戰演訓。 - 處理立法院院會和監察院相關的巡防類報告和資料。 - 與行政院環境保護署協調聯繫，管理海洋污染處理裝備。 - 處理海岸地區救難和災難相關的事項。 - 處理人事、行政綜合、公文收發、管制和檔案等工作事項。 - 處理其他未被其他科室負責的事項。 2. 岸勤科： - 擔負岸際巡防勤務規劃、指導、督導和考核事項。 - 負責岸際巡防任務演訓訓令的制定、督考事項。 - 協調聯繫有關友軍單位的海岸巡防任務。 - 協調所屬機關的勤務部署指導和長官視察。 - 審查和協調岸際巡防單位的建案事項。 - 負責岸際巡防相關研究、執行、督考等事項。 - 審查和公告海岸管制區範圍的事項。 - 協調聯繫特種警衛勤務相關事項。 - 計劃、審核、協調和督導岸巡單位的調整工作事項。 - 協調南沙指揮部人員和裝備的運補事項。 - 協調與空中勤務相關的事項。 - 負責巡防艇組和偵巡艇組的勤務規劃、指導、督導和考核事項。 3. 訓練科： - 擬定、督導和指導年度訓練計畫和各項訓練綱要計畫的事項。 - 協調人員研習中心訓練計畫的事項。 - 協調船艇專業訓練計畫的製定、考照和協調事項。 - 計劃、管理和指導訓練（運動）場地和器材的建案和管制事項。 - 處理訓練用彈藥和油料的申請、發放、運用和管制事項。 - 管制和督導服務犬訓練和運用的事項。 - 轉發、核定和管制射擊通報事項。 - 研擬和管制中程和長程施政計畫的事項。 - 協調水中救生和潛水訓練計畫的製定、考照和協調事項。 - 處理海安演習事項。 - 處理特勤隊訓練和鑑測事項。 - 處理其他相關訓練事項。 這些內容是根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局辦事細則第8條的規定來解釋的。具體的規定和業務可以透過該法條進一步了解。
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