主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下：
一、關於文稿之綜核及代判事項。
二、關於督導綜合文件之撰擬事項。
三、關於機密與重要文件之處理及分配事項。
四、關於督導各種重要會議之籌劃及參加事項。
五、關於總局長、副總局長不在本總局時之代理事項。
六、關於分層負責權責範圍內事務之決定事項。
七、關於職責上應隨時提請總局長、副總局長注意之重要事項。
八、其他交辦事項。
行政院海岸巡防署海岸巡防總局辦事細則 第三章 權責
§ 19–22共 4 條
各單位主管承長官之命，處理本單位事務，其權責如下：
一、關於主管業務之策劃、推動及執行事項。
二、關於工作之分配、領導及監督事項。
三、關於文稿之審核及代判事項。
四、關於主管業務報告之編擬事項。
五、關於各科工作權責問題之協調及解決事項。
六、關於所屬人員之派免、考核與獎懲案件之擬議及核轉事項。
七、關於年度工作計畫及預算之編擬事項。
八、其他交辦事項。
單位副主管襄助主管處理本單位業務。
科長承長官之命，處理本科業務，其權責如下：
一、關於主管業務之策劃、推動及執行事項。
二、關於業務計畫及重要文稿之撰擬事項。
三、關於本科工作之分配及執行進度之查詢事項。
四、關於主管業務之聯繫及協調事項。
五、關於主管文稿之初核事項。
六、關於所屬人員之指導、監督及考核事項。
七、關於本科例行業務之處理或簽核事項。
八、其他交辦事項。
秘書、專門委員、督察、專員、科員、設計師、助理設計師、護士、辦事員及書記，各承長官之命，處理業務。
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