科長承長官之命，處理本科業務，其權責如下： 一、關於主管業務之策劃、推動及執行事項。 二、關於業務計畫及重要文稿之撰擬事項。 三、關於本科工作之分配及執行進度之查詢事項。 四、關於主管業務之聯繫及協調事項。 五、關於主管文稿之初核事項。 六、關於所屬人員之指導、監督及考核事項。 七、關於本科例行業務之處理或簽核事項。 八、其他交辦事項。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局辦事細則第 21 條的規定，科長在承長官的命令下，負責處理本科的業務，其權責主要包括以下方面： 一、策劃、推動和執行主管業務相關的事項。 二、撰寫業務計畫和重要文件的事項。 三、處理本科工作的分配和執行進度的查詢事項。 四、聯繫和協調主管業務的事項。 五、初步審核主管文件的事項。 六、指導、監督和考核所屬人員的事項。 七、處理或簽核本科例行業務的事項。 八、其他交辦事項。 參考資料：行政院海岸巡防署海岸巡防總局辦事細則第 21 條
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