乙種編制海巡隊分設二組，各組掌理事項如下： 一、第一組： (一) 關於管轄海域巡防勤務、業務之規劃、執行事項。 (二) 關於所屬船艇維修、保養業務與料件管理之執行及陳報事項。 (三) 關於事務用品之購置、管理、維修事項。 (四) 關於辦公處所與水電之管理及維護事項。 (五) 關於所屬人員服裝、勤務裝備、車輛等後勤管理事項。 (六) 關於文書處理之規劃、執行事項。 (七) 關於印信之蓋用及典守事項。 (八) 關於管轄區內為民服務工作之推行事項。 (九) 關於管轄區內公共關係業務之推展事項。 (十) 關於法規業務之管理事項。 二、第二組： (一) 關於所屬人事業務之管理事項。 (二) 關於政風維護、勤務督察及內部管理業務之規劃、執行事項。 (三) 關於管轄區內海洋事務、海洋保育、海洋資訊業務之執行事項。 (四) 關於所屬人員教育訓練、研習、進修業務之執行事項。 (五) 關於所屬人員薪資給與及經費表冊之編報、轉發事項。 (六) 關於各類獎金申領表冊之編報及轉發事項。 (七) 其他有關財務、出納業務之執行事項。 (八) 關於管轄區內海域犯罪偵防業務之規劃執行事項。 (九) 關於管轄區內海域犯罪案件之偵辦及違規事件之處理事項。 (十) 關於刑案資料、違規紀錄之建置、處理及轉報事項。 (十一) 關於勤務指揮中心業務之規劃、執行、督導及考核事項。
根據行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第 21 條，乙種編制海巡隊分為第一組和第二組，每組都有不同的掌握事項。 第一組的掌握事項包括： 1. 管轄海域巡防勤務、業務的規劃和執行事項。 2. 船艇的維修、保養業務和料件管理的執行以及陳報事項。 3. 事務用品的購置、管理和維修事項。 4. 辦公處所和水電的管理和維護事項。 5. 身穿、勤務裝備和車輛等後勤管理事項。 6. 文書處理的規劃和執行事項。 7. 海關的使用和典守事項。 8. 推進管轄區內為民服務工作的事項。 9. 推展管轄區內公共關係業務的事項。 10. 管理法規業務的事項。 而第二組的掌握事項則包括： 1. 管理所屬人事業務的事項。 2. 政風維護、勤務督察和內部管理業務的規劃和執行事項。 3. 在管轄區內執行海洋事務、海洋保育和海洋資訊業務的事項。 4. 管理所屬人員的教育訓練、研習和進修業務的事項。 5. 編報和轉發有關薪資和經費的事項。 6. 編報和轉發各類獎金申領表冊的事項。 7. 執行財務和出納業務的事項。 8. 規劃和執行管轄區內海域犯罪偵防業務的事項。 9. 辦理管轄區內海域犯罪案件的偵辦和違規事件的處理事項。 10. 建立、處理和轉報刑案資料和違規紀錄的事項。 11. 對勤務指揮中心業務進行規劃、執行、督導和考核的事項。 這些掌握事項都在行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第 21 條中有詳細的規定。並且，我們可以以最新的行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則作為參考資料來進行解釋和舉例。
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