總局長綜理局務，並指揮監督所屬單位及人員，其權責如下： 一、關於工作計畫之決定、變更及考核事項。 二、關於預算之審核、流用、追加 (減) 及預備金之動支事項。 三、關於上級機關重要命令之執行事項。 四、關於向上級機關建議、請示、申復或報告事項。 五、關於指揮監督所屬各單位之工作事項。 六、關於臨時發生重大案件之緊急措施事項。 七、關於所屬人員之依法任免、遷調、獎懲事項。 八、關於主持或參加各種會議。 九、關於其他有關重要事務之決定或處理事項。
根據行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第22條，總局長具備以下權責： 一、決定、變更和考核工作計畫事項。這包括制定、修改和評估工作計畫。 二、審核、流用、追加（減）預算和處理預備金。這涉及審核和執行預算，以及處理預算加減和動支事項。 三、執行上級機關的重要命令事項。這包括執行上級機關下達的重要指令。 四、提出建議、請示、申復或報告上級機關事項。總局長需要向上級機關提出建議、請求指示、回應要求或報告相關事項。 五、指揮監督所屬各單位的工作事項。這包括監督和指導所屬部門的工作。 六、處理臨時發生重大案件的緊急措施事項。總局長需要針對突發的重大案件制定緊急應對措施。 七、處理所屬人員的依法任免、調動和獎懲事項。總局長負責處理指揮和監督所屬人員的任免、調動和獎懲事項。 八、主持或參加各種會議。總局長需要主持或參加與工作相關的各種會議。 九、處理其他相關重要事務的決定或處理事項。總局長負責處理其他與工作相關的重要事項。 範例參考資料為《行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則》。
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