副總局長襄理總局長處理局務，其權責如下： 一、關於襄助總局長處理公務事項。 二、關於總局長差假時，代行 (理) 職務。 三、關於重要局務之參與及擬議事項。 四、關於業務之監督及指導事項。 五、關於主持或參加各種會議。 六、關於計畫方案及重大決策之研議事項。 七、關於總局長交辦事項。
依照行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第23條所規定，副總局長在處理局務方面具有以下權責： 1. 協助總局長處理公務事項。 2. 當總局長請假時代理該職務。 3. 參與及擬議重要局務事項。 4. 監督並指導業務事項。 5. 主持或參加各種會議。 6. 研議計畫方案及重大決策事項。 7. 處理總局長交辦的事項。 以海岸巡防總局辦事細則第23條為參考，副總局長在處理局務時，具有上述權責。這表示副總局長在總局長請假或需要協助時，有權代行總局長的職務。同時，副總局長也需要參與重要局務的討論和提議，並負責監督和指導業務的執行。另外，副總局長還需要主持或參加各種會議，並參與計畫方案和重大決策的研議。最後，副總局長也需要處理總局長交辦的事項。 這些規定明確了副總局長在處理局務時的權責範圍，保證了總務運作的順暢和高效。由於這些權責是根據法規所制定的，因此在實踐中必須遵守相關法律條文以確保合法性和適法性。違反這些規定可能會導致相應的法律後果。
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