巡防組分設三科，各科掌理事項如下： 一、海洋勤務科： （一）關於海域巡防勤務、業務之規劃、執行、督導及考核事項。 （二）關於直屬船隊及各海巡隊（以下簡稱各級隊）之勤務人力、艦艇調配及轄區劃分事項。 （三）關於各級隊人力，裝備需求之建議事項。 （四）關於各項勤務簿冊之規劃、設計事項。 （五）關於海上聚眾活動之處理事項。 （六）關於戰時巡防工作之規劃、執行、督導及考核事項。 （七）關於配合安全檢查業務之執行事項。 （八）關於特種勤務與警衛任務之聯繫、規劃及督導事項。 （九）其他有關巡防業務事項。 二、情報通聯科： （一）關於情報工作之規劃、執行、督導及考核事項。 （二）關於情報調查資料之規劃、督導、蒐集處理及考核事項。 （三）關於情報教育之規劃、執行、督導及考核事項。 （四）關於情蒐網路拓展機制之規劃、執行、督導及考核事項。 （五）關於國家安全偵防之規劃、執行、督導及考核事項。 （六）其他有關漁民服務事項。 三、國際事務科： （一）關於海上涉外事務處理、協調及協助調查事項。 （二）關於海上涉外案件處理之規劃、督導及協助調查事項。 （三）關於國際情報工作之規劃、執行、督導及考核事項。 （四）關於與他國海上執法機關或相關機關聯繫及合作事項。 （五）關於國際海事法規適用之研究與處理事項。 （六）關於外（國）賓邀訪、禮賓接待及外事聯繫事項。 （七）其他有關涉外事務事項。
行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第8條規定了巡防組下設三科的職掌事項。其中海洋勤務科負責海域巡防勤務、直屬船隊及各海巡隊的勤務人力、艦艇調配及轄區劃分等事項。情報通聯科負責情報工作的規劃、執行、督導，以及情報調查資料的蒐集處理等工作。國際事務科則負責海上涉外事務的處理、協調，與他國海上執法機關或相關機關的聯繫合作等事項。 參考資料：行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則 例子：如果海洋勤務科需要進行海域巡防勤務的規劃，該科可以考慮當地的航行情況、漁業資源保護、非法入侵等因素，並根據這些因素制定相應的巡防計劃。 參考資料：https://www.cga.gov.tw/GipOpen/wSite/ct?xItem=200779&ctNode=14339&mp=1
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