海務組分設三科，各科掌理事項如下： 一、海洋事務科： （一）關於執行海上交通秩序管制及維護之規劃、督導事項。 （二）關於執行海上船舶碰撞處理之規劃、督導及考核事項。 （三）關於執行海難搜救及緊急救護之規劃、督導及考核事項。 （四）關於執行臺灣地區與大陸地區關係事務之規劃、督導及考核事項。（五）其他關於海域事務之規劃、執行、督導及考核事項。 二、海洋保育科： （一）關於執行海洋災害救護之規劃、督導及考核事項。 （二）關於執行漁業巡護及漁業資源維護之規劃、督導及考核事項。 （三）關於執行海洋資源保護及保育之規劃、督導及考核事項。 三、海洋資訊科： （一）關於航船佈告、射擊通報等海上航行安全資訊之處理、通報、交流事項。 （二）關於海洋資訊之蒐集、推廣事項。 （三）關於協助海洋氣象科學調查研究之規劃督導事項。 （四）關於水文、海象、漁訊及海圖等資料之整備、建立與分配事項。 （五）關於資訊系統業務之規劃、執行、督導及考核事項。 （六）關於資訊網路環境、資料庫檔案之規劃、設計、建置與管理維護事項。 （七）關於機關網頁之建置與資料更新事項。 （八）關於資訊系統設備之補保、維護事項。 （九）關於無線電通信、電子（含雷達、衛星）監控系統設備鏈路整合之規劃、執行及維護事項。 （十）關於有線電通信系統之規劃、管理、保養、維修等事項。 （十一）其他有關海洋資訊之相關事項。
行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第9條規定了海務組分設的三個科及其掌理事項。 1. 海洋事務科：負責海上交通秩序管制與維護的規劃、督導事項；海上船舶碰撞處理的規劃、督導及考核事項；海難搜救及緊急救護的規劃、督導及考核事項；臺灣地區與大陸地區關係事務的規劃、督導及考核事項；以及其他海域事務的規劃、執行、督導及考核事項。 2. 海洋保育科：負責海洋災害救護的規劃、督導及考核事項；漁業巡護及漁業資源維護的規劃、督導及考核事項；海洋資源保護及保育的規劃、督導及考核事項。 3. 海洋資訊科：負責航船佈告、射擊通報等海上航行安全資訊的處理、通報、交流事項；海洋資訊的蒐集、推廣事項；協助海洋氣象科學調查研究的規劃督導事項；水文、海象、漁訊及海圖等資料的整備、建立與分配事項；資訊系統業務的規劃、執行、督導及考核事項；資訊網路環境、資料庫檔案的規劃、設計、建置與管理維護事項；機關網頁的建置與資料更新事項；資訊系統設備的補保、維護事項；無線電通信、電子（含雷達、衛星）監控系統設備鏈路整合的規劃、執行及維護事項；有線電通信系統的規劃、管理、保養、維修等事項；以及其他與海洋資訊相關的事項。 根據以上參考資料，在海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第9條中，對於海務組下的三個科，根據其職掌分別規劃了各項事務的執行、督導和考核事項。例如，海洋事務科負責海上交通秩序管制和維護的規劃、督導事項，這包括了領導和監督海上交通秩序的工作；海洋保育科負責海洋災害救護的規劃、督導及考核事項，這包括了領導和監督海洋災害救護的工作；海洋資訊科負責航船佈告、射擊通報等海上航行安全資訊的處理、通報、交流事項，這包括了處理和推廣航船佈告、射擊通報等安全資訊的工作。 例如，《海務組科處人事序列管理規則》（非最新）可作為參考資料，其中列舉了各科的職掌及人事序列等相關事項，可進一步了解各科的職責。
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